东晋朝的崩溃，桓玄为盟主的诸藩镇，占据建康以西的州郡，朝廷政令只能施行在东方的会稽、临海、永嘉、东阳、新安、吴县、吴兴、义兴八郡，一切残酷的剥削自然也集中在八郡民众的身上。司马元显为防御王恭等人的进攻，调东方诸郡“免奴为客”人集合建康充当兵役，号称“乐属”。这又引起地主和佃客的怨恨。
东晋十六国五斗米道徒士族孙恩乘民心骚动，399年，从海岛率徒党百余人攻破上虞县，又攻破会稽郡，部众骤增至数万人。其余七郡同时起事，攻杀晋官吏、响应孙恩，不到十天，孙恩有众数十万人。孙恩的徒党号称“长生人”，是一群奉五斗米道的亡命无赖。孙恩和这群人专事屠杀掳掠，破坏不遗余力。会稽是王羲之谢安等北方士族聚居的名郡，吴郡、吴兴是南方士族的中心居地，这三郡号称三吴，是东晋朝经济文化发达的地区。当然，士族所在地的民众，受士族的压迫是说不尽的，对士族的仇恨自然也是难以抑制的，愚蠢而疯狂的野心家孙恩等人利用民众的积怒，纵徒党杀人，甚至婴儿也不能免死。
晋将谢琰刘牢之率兵来攻，孙恩徒党在诸郡烧仓库，毁房屋，塞水井，砍林木，掳掠妇女财物，都逃到会稽郡来。谢琰收复义兴吴兴两郡，刘牢之收复吴郡，进军到浙江边。孙恩起初听说诸郡响应，对徒党们说，天下没事了，我带你们到建康享福去。后来听说刘牢之到了浙江边，对徒众们说，我割据浙江东部，还可以做个越王勾践。等到刘牢之军渡过浙江，孙恩对徒众们说，我是不以逃走为羞耻的。孙恩掳男女二十余万人逃往海岛。此后孙恩连年从海路入寇。401年，孙恩率舟师十余万人自海路突袭京口，逼近建康，司马道子惊骇，不知所措，赖刘牢之部将刘裕奋勇进击，大破孙恩军。刘牢之等援军赶到建康，孙恩屡次战败，又逃入海岛。402年，孙恩入寇临海郡，被晋兵击败。孙恩穷困投海自杀，徒党和妓妾说他成了水仙，跟着投水的多至百余人。被孙恩掳去的二十余万人，三四年间，不是战死溺死，便是被贩卖作奴隶，到孙恩死时只剩下数千人。孙恩连年从海岛入寇，前后数十战，又杀死民众数万人。
京口是从北方各地流亡来的士族和民众聚居的地方，号称北府，与历阳同为扬州重镇。居民风俗强悍，敢于从军。谢安辅政，举谢玄为将。谢玄在京口募兵，得勇士刘牢之等人。刘牢之常领精锐当前锋，战无不胜，号称北府兵。淝水大战，苻坚军崩溃，晋军前锋五千人，就是刘牢之统率的北府兵。399年，刘牢之击孙恩，刘裕在刘牢之部下当小军官，勇悍善战，屡立大功。刘牢之部下诸将，抢掠财物，比盗贼更凶，独刘裕约束部属，纪律严明，大得民心。从此，刘裕成为北府兵的著名将领，击灭孙恩卢循，主要是刘裕的功绩。
孙恩死后，余众推卢循为首领，被刘裕追击，泛海逃走。404年，卢循攻陷广州，以后连年入寇，410年，率兵十余万逼近建康，被刘裕击败，卢循逃到交州。411年，交州刺史杜慧度击杀卢循。孙恩在败逃入海以前，多少还算是率领农民起义，卢循则完全是五斗米道作乱。