记录显示伦敦的死亡人数从每周1000-2000人持续上升，到1665年九月，平均每周已经有7000人死亡。到深秋时候，状况得到了一定程度的控制。到1666年二月，城市被认为安全到可以迎接国王了。而同时，由于与欧洲大陆的商贸交流，瘟疫传到了法国。此后直到1666年九月，瘟疫仍在温和的流行。9月2日和3日，伦敦城遭遇了一场大火，烧毁了大部分遭到感染了的房屋，这是状况好转的开端。另一个可能的原因是，大部分被感染的人群都已经死亡了。此后伦敦城在大火的基础上重建，在这场瘟疫过后又获得了的新生。
