矿税的开端是在万历二十四年，这一年宫中遭遇大火，乾清宫和坤宁宫先后毁于火灾，次年皇极殿、建极殿和中极殿又再次焚烧殆尽，同时播州和朝鲜也是兵祸连结。宫殿需要修缮，军费支出庞大，而太仓国库空虚，户部束手无策，所以需要额外增加税源。开矿向国家缴纳税收，有问题吗?当然没问题。但实际情况呢?
神宗委派的矿税负责人是内监。内监负责某些财政征收，在明朝并不新鲜，江南三织造就是由织造太监负责督管。但织造被控制在范围之内，矿监税使的权力却得以泛滥。被派遣到地方的矿监税使，以天子特使自居，无视地方行政机构，在地方任意横行，中饱私囊，祸国殃民。地方有司或叹然无奈，或沆瀣一气，或力争不过反遭打压，最终激起民变，例如万历二十八年，矿监陈奉恐吓地方官民，其党羽有恃无恐，私闯民居，奸淫妇女，掠夺民财，最终激起武昌民变。
二十余年的矿税征收，各地矿监前后上缴矿税不到600万两，而《明史》所记载的万历援朝战争就糜费700万余两，所以说矿税对晚明国家财政的纾缓并无显著作用，但实际危害却遍布史书。矿监贪污数量十分惊人，陈奉在湖广征收矿税不过两年，离开时所带走的私财却十分庞大，且为人作恶多端，当时的巡抚支可大怕他会在路上遭遇报复和抢劫，特地派遣大量士兵予以护送。
矿税为祸惨烈，当时已是天下皆知。无论上到朝堂重臣，包括内阁在内，还是地方官吏，请求神宗撤销矿税的疏文几乎无日不有。甚至神宗也深知矿税的危害，所以在万历三十年，神宗患病，召来内阁首辅沈一贯和诸臣，口授遗诏宣布废除矿税。但没过几个时辰，神宗身体好转，反悔废除矿税一事，前后派遣二十余名内侍索要遗诏，沈一贯无奈交出。另据记载，当时的司礼监太监田义曾极力劝阻神宗不要收回成命，神宗大怒，拔刀欲砍。后来田义曾当面埋怨沈一贯行事怯懦不能坚持。
所以说，万历年间的矿税本身并不十分过分，但在实际操作中出现了极大问题，以致病国祸民，对财政补益也不显著，导致朝野一片反对之声也就在情理之中了。