西晋时已出现土断概念。晋初司空卫瓘主张恢复汉代乡举里选法。户籍都按住地编定，取消客籍户，选举由乡里评定。这是针对九品中正制的弊病提出的。东晋、南朝的土断则是针对当时侨人和侨州郡而实行的政策。
西晋末，北方人民大量南流，东晋建立后，政府设立了许多侨州、侨郡、侨县予以安置。他们只在这种侨立的地方机构登记，称为侨人。侨人的户籍称为白籍，不算正式户籍，入白籍者不负担国家调役。侨人有的相对集中，有的居住分散，“十家五落，各自星处，一县之民，散在州境，西至淮畔，东届海隅”。他们虽在侨县登记户籍，却不住在侨县寄治的地方。侨州和它所属的郡县也不是都在一处，有的相距很远，管理极为不便。
侨州、郡、县开始也只是办事机构，并无实土，所以仅在晋陵(今江苏常州一带)一郡就有侨立的徐、兖、幽、冀、青、并六州的十多个郡级和六十多个县级机构。各州侨人既和原来的江南土著百姓杂处，又彼此相互混居，却分属于不同的州、郡、县管理。流民南下之初，多数还想重返故里，所以莫不各树邦邑，思复旧井。而且流人初到，并无产业，为了安抚他们，凭借他们的武力为北伐资本，也不能不给以优复特权。但北伐多次失败，重返绝望，居处既久，人安其业。侨人中的上层已多占有田园别墅;下层的除了沦为部曲、佃客、奴婢者外，也通过开荒或其他手段取得少量土地，成为自耕农民。他们与土著百姓生活无异而负担不同，容易引起侨旧矛盾。而且许多江南农民也逃亡而变成豪强私附。这些都不利于东晋政府的统治，因此东晋政权在江南站稳脚跟之后，便要实行土断政策。
东晋的第一次土断是在成帝的咸和年间(326—334)。以后东晋及宋、齐、梁、陈历代都进行过土断，见于记载者共有十次。其中最著名的哀帝兴宁二年(364)由桓温主持的“庚戌土断”(以三月初一庚戌下诏。故名)和安帝义熙八年至九年(412—413)由刘裕(即宋武帝刘裕)主持的“义熙土断”，都以严格执行见称。庚戌土断时，晋宗室彭城王司马玄因藏匿五户被下狱治罪;义熙土断时，会稽大族虞亮因藏匿亡命千余人被处死。