东汉初年(公元79年)举行的白虎观会议就是一个官方举行的妄图弥合今古文经学异同的重要的学术会议。会议的效果由班固写成《白虎通德论》，又称《白虎通义》，简称《白虎通》一书。《白虎通》是以今文经学为根底，开端完成了经学的共同。
东汉末年，古文经学的集大成者郑玄，网罗众家、遍注群经，对今古文经学进行了全面总结，自成一家之言。郑玄以古文经学为根底，但又能吸收今文经学中的长处，态度谨慎，脚踏实地，无征不信，然后超过了前人。自此今后郑学兴盛，这不只标志着今古文经学之争的完结，也标志着汉代经学的衰亡，之后今文经学也随之消失。 汉朝是经学最为兴盛的年代，朝野内外吟诵经文蔚然成风，《汉书·韦贤传》引民间谚语说“遗子黄金满赢，不如一经”。
汉朝的“以经义决狱”是汉朝经学与王朝政治相结合的一大特征，也是汉朝经学茂盛的一大标志。儒生经过司法实践并官学私学教育，推陈出新，把经学思维深深的植入了一般民众之中。 魏晋南北朝经学 魏晋南北朝时期是经学由式微走向别离的时期。在曹魏时期，呈现了王学与郑学之争。王学，是指王肃所创立的经学系统。王肃是司马昭的外祖父，所以王学获得了司马氏的支撑，他注解的《尚书》、《诗》、《论语》、三《礼》和《左氏春秋》以及其父所作的《易传》都被列为官学。王学和郑学之间的纷争，并不是朴实的学术争论，而带有激烈的政治斗争的意味。这场纷争一起也标志着两汉经学的式微。
魏晋时期在经学获得效果较大的还有王弼、何晏等。王弼注《周易》，摆脱了汉代用“象数”和谶纬说明《周易》的老路，开创了用义理、思辨哲学说明《周易》的新路，这是经学史上一次严重变革。何晏所作《论语集解》收集了汉以来各家之说，对后世影响很大。这一时期经学的特色是经学逐步形而上学化。
南北朝时期经学也跟着政治上的南北敌对而分立为南学和北学。据《北史·儒林传》记载，南学《周易》尊王弼，摒弃象数、发挥义理，《尚书》盛行《孔传古文尚书》，《左传》盛行杜预撰《春秋左传集解》;北学《周易》、《尚书》主郑玄，《左传》主服虔。“南人简约，得其精华;北学深芜，穷其枝叶。”从学术风格上讲，南学受形而上学和佛学影响比较大，能博取众家之长，又喜别具一格，反映了其哲学思辨才能的进步，而北学受北方游牧民族质朴风气的影响，坚持了汉朝经学以章句训诂为宗的特色。