宦官对明代政治的影响是多方面的，其中最值得注意的是两件事：一、架空内阁;二、操纵厂卫。
(一) 架空内阁
朱元璋在建国初期，仍然继承元朝的政治体制，在中央设中书省、大都督府、御史台，分管全国的政治、军事、监察。中书省最为重要，由官居一品的左、右丞相总理国政，下设吏、户、礼、兵、刑、工六部。大都督府的左、右大都督，也是正一品官，平时训练军队，战时统帅军队，领导京城及全国各地的卫所。御史台的左、右御史大夫，是从一品官，负责监察各机关衙门，肃清纲纪，领导御史中丞以下各级御史。地方上设行中书省，统管地方军政事务。
这种制度的重要特点是，中央的中书省及地方的行中书省都是大权在握。特别是中书省，掌握大部分政治权力。当时的百官奏章，都是由丞相先加以综合整理，然后分清事情的轻重缓急，签署意见，再请朱元璋裁定施行。所以一心想集全国政治、经济、军事最高权力于一身，以强化封建专制，使家天下永保永享的朱元璋，很快就不满意这种丞相权力过大，中书省、大都督府、御史台都能独持权柄的政治机制。
他认为元朝灭亡的教训之一，便是“委任权臣，上下蒙蔽故也”[1];并歪曲秦王朝以来的历史，说历朝设宰相，都是没有以秦亡为鉴，“相从而命之，往往病及于国君者，其故在擅专威福”。
因此，他瞄准宰相的权力，逐步开刀。洪武十年(1377)五月，朱元璋命李善长、李文忠凌驾于中书省等机构之上。次年又下令，臣下奏事不需要经过中书省，使丞相有职无权，徒有其名。而到洪武十三年(1380)，干脆罗织阴谋政变的罪名，将宰相胡惟庸问斩。
从此废中书省，罢丞相，将中书省的权力分归于六部，大都督府分解为前、后、左、右、中五军都督府，改御史台为都察院，加上大理寺、通政司，并称为九卿，由朱元璋直接指挥。
朱元璋罢废丞相后，很快便感到自己不胜其劳。似雪片而来的奏疏，只能由他自己亲自处理。以洪武十七年(1384)九月为例，从十四日至二十一日，八天之内，“内外诸司奏札凡一千六百六十件，计三千三百九十一事”，平均每天奏札207件，411事。显然，要看这么多的章奏，处理这么多的事，朱元璋难以应付，必须有新的帮手，因此先后又设立了四辅官、殿阁大学士。
永乐时期，命翰林儒臣入值文渊阁参与机务，称做内阁。朱元璋、朱棣父子，都是一代雄主，深知江山得来不易，所以辅官阁臣都只限于顾问、参谋性质，章奏仍由自己亲自批示。
但洪熙、宣德以后，情况大异，衍化出票拟制度，即：令内阁臣用小票墨书，对章奏草拟出处理意见，贴在各种奏疏的封面上，再上报给皇帝，由皇帝审定后，让太监用红笔写出，称为批朱，这就是对明朝政治发生很坏影响的票拟制度。其中最糟糕的便是给宦官干政大开方便之门。《明史·职官三》记载，司礼监“掌印掌理内外章奏及御前勘合，秉笔、随堂掌章奏文书，照阁票批朱”，文书房“掌收通政司每日封进本章、并会极门京官及各藩所上封本，其在外之阁票，在内之搭票，一应圣谕旨意御批，俱由文书房落底簿发”。
司礼监是宦官建制中十二监之一，也是最重要的监;文书房则是宦官十二房之一。显然，不管是六部进呈、由内阁票拟的章奏，或起草的诏令，上交皇帝之前，必须经过文书房的宦官;而反过来，皇帝所下的命令，也不能直接达于大臣，而必须先经过文书房的宦官之手。其具体运行的过程，明朝中叶的史料不够具体，但我们可以从明末记载得很详尽的史籍中，大体推知无误。据明朝宦官刘若愚所述，凡章奏由外廷送至文书房，经该房宦官登录后，交司礼监太监，司礼监太监看过后，呈送皇帝审阅，皇帝阅后，退回司礼监，司礼监交文书房送内阁票本，内阁票拟后再送文书房，文书房送司礼监，司礼监认为所票可行，经奏明之后，批红发出施行。如有意见，奏明发出重票。
其间，司礼监太监还在章奏中做下记号，即“凡有要紧处，即钤阔一寸许白纸条，覆于本上下空纸处，用指甲捏一痕”。这就清楚地表明了，所有章奏，经文书房的宦官中转后，司礼监的太监不仅能预先知道章奏的内容，而且阁臣的票拟，需要司礼监阅后，认为可行，才送到皇帝手中。
显然，司礼监对于皇帝的影响，可谓举足轻重。而太监享有的批红大权，更是宦官得以窃弄权柄、恣作威福的关键。《明史·职官志序》评论此事说：“然内阁之票拟，不得不决于宦官之批红，相权转归之寺人，于是贤士大夫之进退，悉颠倒于其手，伴食者承意旨之不暇，间有贤辅，卒蒿目而不能救。”这里的批红，毕竟还是奉皇帝之命，由宦官操刀，堂而皇之地进行的。而有明一代，不经过票拟，由宦官直接在章奏中批示的事，更是迭相发生。
如正德时，大学士李东阳在奏疏中揭露刘瑾：“凡调旨撰敕，或被驳诘再三，或迳自窜改，或持回私室假手他人。”诸如此类，称做内批中旨，宦官视阁臣如草芥，也就可想而知。明末的魏忠贤，或乱批，或假传圣旨，更是到了肆无忌惮的地步。杨涟的《劾魏忠贤疏》说：“自忠贤专擅，旨意多出传奉。传奉而真，一字抑扬之间，判若天渊;传奉而伪，谁为辨之?近乃公然三五成群，勒逼让，政事之堂，几成哄市。甚至有径自内批，不相照会者。假若夜半出片纸杀人，皇上不得知，阁臣不及问，害岂渺小?”宦官的架空内阁，或者说凌驾于内阁之上，掌握着最高的决定权，结果只能是一个：导致朝政越来越黑暗腐败。无怪乎明清之际的思想家黄宗羲说：“吾以谓有宰相之实者，今之宫奴也”，“使宫奴有宰相之实者，则罢丞相之过也”，“有明之无善治，自高祖罢丞相始也”!
明代阁臣动辄被宦官罢了官、遭构陷的事，层出不穷。如：天顺初徐有贞、李贤在宦官曹吉祥等的排陷下，均被逮下狱。正德时刘健、谢迁等因上疏列数刘瑾罪恶，都丢了官，刘健还被列为奸党之首。而天启时或因不肯附阉，或因奏劾阉党罪行被罢官及被迫引退的大臣，则有刘一、叶向高、韩、朱国祯、朱延禧等人。
另一方面，一些庸才、小人，或宦官的亲友，因投靠、谄媚宦官，则可飞黄腾达，被任命为阁臣。如：成化时万安为人软弱，品行也很差，只因对宦官李永昌的养子李泰拍马有术，故能在成化五年(1469)入阁。正德初年，吏部尚书马文升去位后，焦芳凭与司礼监太监李荣的同乡关系，在李荣的策划下，代理吏部尚书，很快便以尚书兼武英殿大学士之职入阁办事，不久又加上太子太保兼谨身殿大学士的头衔，专在内阁办事。焦芳是个卑鄙无耻之徒，每次去拜访刘瑾，口口声声喊刘瑾千岁，自称是门下，对于章奏的阅处，完全按刘瑾的意见办理。