十七世纪中叶，中国处在一个政治极其动荡的大变局时代。1644年3月，农民领袖李自成率领起义军攻入北京，推翻了明朝。5月，兴起于白山黑水之间的清攻入了山海关，赶走了李自成。自此，中国历史上最后一个封建王朝建立。在此后一百多年间，清历经顺治、康熙、雍正、乾隆四帝，前清不仅先后剿灭了各地的农民起义及明朝的残余势力，还平息了吴三桂的叛乱，统一了台湾。清朝的一系列政策措施，使饱受战乱破坏的社会经济得到了逐步恢复，中国也进入了一个新的稳定发展时期。
而同一时期的新疆，同样也处于你争我夺的封建割据状态。先是称雄西北强盛一时的蒙古斡亦喇惕部在首领也先死后沉寂了一百年之后，终于恢复了元气，继续活跃在西北广袤的草原上。
在清军入关的同时，蒙古的准噶尔部逐渐强大起来。他们在首领巴图尔浑台吉率领下，准噶尔部逐步取代了卫拉特蒙古的和硕特部而成为了各部落的首领。准噶尔部不但逼迫卫拉特蒙古中的土尔扈特部和和硕特部的主要部落迁往别处，而且还先后打败了周围的哈萨克、柯尔克孜人，统治着北起额尔齐斯河和鄂毕河中游，南到天山，包括巴尔喀什湖以东以南的广大区域，成为了中国西部地区一个强大的地方政权。
1665年(清康熙四年)，巴图尔珲台吉去世，他的儿子僧格继位。1671年，僧格被他的同父异母兄弟策臣汗和巴图鲁杀害。不久，策臣汗和巴图鲁又被他们的部众杀死。在这种群龙无首的情况下，巴图尔珲台吉的另一个儿子—僧格的弟弟噶尔丹从西藏赶回来夺取了政权。噶尔丹把准噶尔部的大本营从塔尔巴哈台(今塔城)的和布克赛尔迁到了伊犁河谷。他先后击败了一些蠢蠢欲动的政敌后，逐步巩固了自己的统治地位。1679年，噶尔丹自称博硕克图汗，请求清政府的承认。同时，噶尔丹部又派兵四处征战哈萨克、布鲁特、诺盖等部落。1680年，噶尔丹还派兵12万人越过天山南下，攻占了阿克苏、乌什、喀什噶尔(今喀什)、叶尓羌(今莎车)等地，灭掉了叶尓羌汗国，取得了天山南北的统治权，使准噶尔部的统治范围覆盖了整个天山南北。1697年，噶尔丹发动了对抗清政府的叛乱。战争失败后，噶尔丹死亡，僧格的儿子策妄阿拉布坦继任了准噶尔部的首领。策妄阿拉布坦、噶尔丹策凌不同于反复无常的噶尔丹，仍然继续派出使臣进京，表示继续臣属清朝政府。