乾隆二十年(1755年)四月，清军奔袭伊犁，粉碎了准噶尔汗达瓦齐的叛乱，被准噶尔汗羁縻于伊犁的回部大和卓布拉尼敦、小和卓霍集占获得解救，归附清廷。尔后，清廷派兵护送布拉尼敦回到旧都叶尔羌，统领旧部;将霍集占留于伊犁，掌管回部事务。当年秋，辉特汗阿睦尔撒纳起兵叛清，霍集占率众助逆，以图独主回疆。二十一年(1756年)，清军收复伊犁，霍集占返回叶尔羌，徘徊观望。
二十二年(1757年)四月，霍集占自立为巴图尔汗，传檄各城首领，召集兵马，准备与清军作战。库车、拜城、阿克苏3城之阿奇伯木克、如鄂对等人，不肯从叛，奔伊犁报告并请求支援。时驻伊犁定边右副将军兆惠正与阿睦尔撒纳作战，派副都统阿敏道率兵前去弹压。五月，霍集占击败清军，杀阿敏道。
清朝两征准噶尔、一定回部，统一天山南北的战争历时五年，至此大功告成。其中有乾隆帝的运筹帷幄，数万将士的浴血奋战，还得到维吾尔族地方首领和各地民众的支持。战后被列入平定西域紫光阁前后五十功臣的维吾尔族地方首领依次有吐鲁番的额敏和卓、乌什的霍集斯、库车的鄂对、哈密的玉素富、和阗的阿什默特、喀什噶尔的噶尔默特。