康熙十九年(1680)，卫拉特蒙古准噶尔部统治回部后，对其首领实行人质制。1755清朝政府出兵平定了新疆准噶尔分裂势力，乾隆二十年五月，清军攻克伊犁，释放作为人质禁锢于伊犁的大和卓(名波罗尼都)、小和卓(名霍集占)。波罗尼都率领他的弟弟霍集占等30多人投奔清朝军队。伊犁平定后，清朝命令他返回南疆，招抚旧部，统领维吾尔民众。大和卓返叶尔羌(今莎车)统领回部，小和卓留伊犁掌管伊斯兰教务。1756年小和卓霍集占从伊犁逃回，参与卫拉特蒙古辉特部首领阿睦尔撒纳阴谋发动叛乱，兵败逃叶尔羌。
乾隆二十二年(1757年)，杀害清廷所遣前往招抚的副都统阿敏道，自立为巴图尔汗，波罗尼都受到鼓动。他们号召各城起兵反清，一起集众数十万叛乱，举兵反对清朝政府，叛军控制了天山南路的大部分地方。
乾隆二十三年(1758年)二月，清廷命雅尔哈善为靖逆将军，率满、汉兵万余自吐鲁番进发，进入南疆(天山南路)平叛。起初，清军出师不利。但由于大小和卓残酷地压迫维吾尔族人民，“兵饷、徭役繁兴，供给稍迟，家立破;及出亡(兵败逃亡)，又尽其赀以行，民脂殆竭” [1] 。人民不堪其苦，纷纷逃亡。五月，围叛军据点库车。大、小和卓率万余鸟枪兵自叶尔羌经阿克苏赴援，被清军击败，伤亡4000余人，旋率残部入库车固守。雅尔哈善未乘胜进击，而坐守军营终日博弈，疏于戒备，致使大、小和卓乘夜率400骑逃遁，雅尔哈善以贻误军机罪被处死。清军攻克库车后，小和卓逃到阿克苏，守城维吾尔族人闭门不纳，只得逃到乌什，同样为乌什维族人所拒，遂退保叶尔羌。大和卓则据守喀什噶尔。大小和卓相约各守一城。两人相为倚角，抗击清军。十月，定边将军兆惠率步骑4000至叶尔羌，三战三胜，然以兵少不能取城，即于城东隔河结“黑水营”自固待援。叛军万余人包围黑水营，用炮轰、水淹、偷袭等方式频繁攻击。清军坚守三个月，伤亡甚众。
二十四年正月，清定边右副将军富德率兵3000自乌鲁木齐驰援，至呼尔满(今莎车东北)，与叛军骑兵5000激战四五昼夜，获胜，渡叶尔羌河，与参赞舒赫德、都统阿里衮部会师。兆惠闻援军至，督兵突围。清军会师振旅，还阿克苏。