乔治·华盛顿的离职引发了一场激烈的、围绕他的继任者的党派竞争。在第一场竞争性的总统选举中，两套选票鲜明地表明了立场：约翰·亚当斯与副总统候选人南卡罗来纳州的托马斯·平克尼(ThomasPinckney)一起代表联邦党人，托马斯·杰斐逊与纽约州的艾伦·伯尔(AaronBurr)一起代表共和党人。16个州(佛蒙特、肯塔基和田纳西在华盛顿任职期内加入了原始的13州)中的大多数仍由州立法机构来挑选总统选举人。但在总统选举人由人民直接选举产生的6个州里出现了紧张激烈的竞选活动。亚当斯得到了71张总统选举人票，杰斐逊得到了68张。由于联邦党人内部的派别斗争，平克尼只得到了59张总统选举人票，所以作为反对党领袖的杰斐逊成为了副总统。选举几乎是以区域为界进行的：亚当斯赢得了新英格兰、纽约和新泽西，杰斐逊赢得了整个南部，并赢得了宾夕法尼亚州。
1797年，亚当斯就任这个分裂国家的领袖。他是一个聪明过人但又严肃刻板、固执己见并自命不凡的人，甚至一些赞赏他为独立作出长期贡献的人也并不喜欢他。他的政府可谓是危机连连。
在国际事务方面，美国几乎走到了被卷入连绵不断的欧洲战争的边缘。作为一个中立国家，美国声称有权与英国和法国进行非军事商品的贸易，但英法两国却都以惩罚为由没收美国商船。1797年，美国派出特使前往巴黎，希望与法国谈判，获得一个新条约来取代1778年建立的旧盟约，但法国官员却在谈判开始前，向美国人提出了贿赂的要求。亚当斯公布了美国特使送回的报告，将要求行贿的法国官员的名字用英文字母表的最后三个字母来表示。这桩"XZY事件"显然毒化了美国与它旧时盟友的关系。1798年，美国与法国在公海上卷入了一场"半战争状态"，法国船只在加勒比海抓捕美国船只，而新扩大的美国海军则对法国船只不断进行骚扰。美国实际上变成了英国的军事盟友。尽管汉密尔顿向政府施压，希望美国对法宣战，但亚当斯在1800年与法国却达成了和平协定。
在国内事务方面，亚当斯就不显得这样谨慎了。社会动荡仍然在许多乡村地区出现。1799年宾夕法尼亚东南部的农场主抵制国会的一项土地和房屋征税，这项税收是用来扩充美国的陆军和海军。约翰·弗赖斯(JohnFrise)带领的一群人将被逮捕的人从监狱中释放出来，但亚当斯很快派出军队前往闹事的地区。军队以叛国罪的名义抓捕了弗赖斯，并对他的支持者施压恐吓和镇压，拔掉了他们竖立的自由杆，并严惩了共和党报纸的编辑。1800年，亚当斯特赦了弗赖斯，但这个曾在1796年支持他当选的地区在后来的选举中再也没有支持过联邦党人。