"杰斐逊与自由"变成了响亮的共和党竞选口号。此刻，共和党人已经发展出一套有效的动员选民的战术和技术，如印刷传单、手册和报纸，为宣传自己的事业举行群众集会等。而联邦党人还仍然把政治视为是少数精英分子的事业，他们因此无法在动员群众方面与对手一拼高低。尽管如此，他们仍然在新英格兰地区占有绝对优势，在大西洋中部各州也有数量繁多的支持者。杰斐逊最终以73票总统选举人票击败亚当斯的65票而获胜。
就任之前，杰斐逊被迫面临了一个不同寻常的宪政危机。两党对总统选举都做了安排，要求其中的一名总统选举人在投票选举总统时少投一票，这样本党的总统候选人将多得一票，从而胜出(本党的)副总统候选人。然而指定的共和党总统选举人没有按照这种设计来做。结果，杰斐逊和他的竞选伙伴艾伦·伯尔同时得到了73张总统选举人选票。在没有候选人获得多数的情况下，选举结果将由国会众议院来裁决，当届国会是在1798年选举的，联邦党人在其中占有微弱的多数。在前35轮的投票中，两人没有一人得到众议院的多数票。最终，汉密尔顿进行了干预。他不喜欢杰斐逊，但他相信杰斐逊具有政治家的眼光，不会在上台后肢解联邦党人建立的财政体系。伯尔在他的眼中，是一个权欲熏心的人，"一个处于胚胎状态的凯撒"。
汉密尔顿对杰斐逊的支持改变了两党对峙的平衡。为了避免危机的重复发生，国会和各州迅速接受了宪法第十二条修正案，要求总统选举人对总统和副总统分开投票。1800年的总统选举也开启了一连串的其他事件，这些事件在此后四年的累积发展导致了汉密尔顿与伯尔决斗的发生。伯尔似乎随后又卷入了一场阴谋，要在西部地区与美国和西班牙帝国相分离的领土上组织建立一个新的国家。1807年，他从叛国罪审判中获得无罪释放，随后他以自我流放的方式去了欧洲，最终回到纽约开业当律师，直到1836年去世。
18世纪90年代的事件表明，大多数美国人相信普通美国人有权积极参与政治，自由地表达他们的意见，以及对他们政府的政策提出质疑。康涅狄格的著名联邦党人领袖塞缪尔·古德里奇(SamuelGoodrich)写到，他的党之所以被推翻，是因为民主已经变成"人民党的口号"了。应该给联邦党人加分的是，他们从未拒绝接受选举的结果。亚当斯坦然接受失败，开创了政治权力从一个落选的政党向自己的继任者和平转移的重要先例。