当天主教在日本蓬勃的发展的时候，德川幕府意识到天主教的发展对自己整个国家的统治有威胁的时候，德川幕府便行了严厉的禁教政策，和严厉的锁国令。其实德川幕府实行锁国令的根源，就是自己的统治受到了威胁。
主要内容
内容
1、禁止日本船出海贸易和日本人与海外往来，偷渡者要处以死刑;
2、取缔天主教的传教活动，对潜入日本的传教士应该予以告发和逮捕，以防止天主教在日本的蔓延;
3、对驶抵日本的外国船只实行严密的监视，贸易活动也由幕府进行严格的管制。
这样，日本的“锁国体制”最终确立起来了。
目的
德川幕府实行锁国政策的主要目的，是为了巩固和加强幕府的统治，维护封建的剥削制度。日本实行锁国政策，制止了西南大名利用海外贸易增强割据实力的倾向，巩固了德川幕府在全国的统治地位。
其次，全面禁止日本商人出海进行贸易，切断了国内商业资本与海外市场的直接联系，抑制了商品经济的发展，使小农经济免受冲击，以维护封建的剥削制度。
再次，在日本的历史上，被压迫的群众曾以宗教为旗帜进行过武装暴动，由此可根除宗教在日本农民中的影响，巩固自己的统治地位。
危害
德川幕府实行锁国政策，从其主观动机来说，无疑为了防范西方殖民主义势力的渗透、维护日本的国家独立，从客观的效果来看，在一定的时期内也确实起到了预期的作用。但从长远看，这种政策只能延缓民族危机的来临，而其最终的结果必然酿成更为严重的危机。因为：
(1)在日本实行锁国的200多年间，西方世界发生了巨大变化，先是资产阶级革命，资本主义制度的确立，再到工业革命的开展，使西方国家的实力增强;而日本由于实行锁国政策，贸易停滞，使国内经济几乎与世界市场隔绝，严重地影响了新的资本主义因素的发展，延缓了封建经济解体和资本原始积累的进程。同时与外国交流终止，使江户时期的日本文化失掉了开阔与雄伟的精神。这就使本来已经落后的日本，进一步被资本主义的西方抛在后面。
(2)锁国政策巩固了幕藩封建体制，当这一体制逐渐成为社会经济发展的障碍时，锁国政策的反动作用也就更加明显了。
略历
元和二年(1616年)中国(明朝)以外的船只限定停泊于长崎及平户
元和九年(1623年)英国的平户商馆被关闭。
寛永元年(1624年)与西班牙断交，禁止船只进入。
寛永八年(1631年)奉书船制度开始。朱印收以外的朱印船必需有老中奉书。
寛永十年(1633年)第1次锁国令。禁止奉书船以外船只渡航。此外，禁止滞留外国5年以上的日本人回国
寛永十一年(1634年)第2次锁国令。再次通达第1次锁国令的内容。
寛永十二年(1635年)第3次锁国令。中国(明朝)、荷兰以外的船只只能进入长崎，禁止所有在外的日本人回国。
寛永十三年(1636年)第4次锁国令。与贸易没有关系葡萄牙人妻子(包括日本混血儿)总共放逐了287人到澳门，其余滞留在出岛
寛永十四-十五年(1637年-至1638年)岛原之乱。
寛永十六年(1639年)第5次锁国令。禁止葡萄牙船只入港。
寛永十七年(1640年)葡萄牙船只要求再次通商。幕府处死61名使者
寛永十八年(1641年)锁国制度完成。荷兰商馆迁移到出岛。
正保四年(1647年)2艘葡萄牙船来到日本，要求恢复外交关系。幕府拒绝。
幕府态度
在颁布“异国船打退令”后，日本锁国迈向了完全的态势。后来却发生了“摩利逊号事件”，使得幕府的态度改变。一艘美国船“摩利逊号”接载日本难民前往九州却差点遭受炮击，导致了日本国内的不满。后来幕府为了镇压反对锁国的人们，下令予以逮捕，也就是“蛮社之狱”。在清朝鸦片战争战败后，日本无法坚持锁国制度，所以颁布“薪水给予令”，让所有异国船在来到日本本土后禁止上陆，只是提供柴薪、食物和水后离开。
黑船事件
1853年和1854年美国海军军官佩里(又作培理)分别率领五艘和七艘军舰(日本方称为黑船)从浦户和江户湾登陆，并呈交美国总统的国书。(史称“黑船来航”)在1854年的来访中签订“日美和亲条约”。1858年日本和美国签订“日美修好通商条约”和“安政条约”(美，荷，俄，英，法)，锁国告终。
对外贸易
大致上可分为两种
第一种是由幕府直接控制，在长崎负责荷兰以及中国之间的贸易。
第二种是由藩主，与该国特定的贸易，即对马藩的宗氏与朝鲜、萨摩藩岛津氏与琉球国、松前藩松前氏与虾夷(北海道)的对外贸易，这四个港口开放，被日本称为四口。
附
1633年，译文据中川清次郎著《西力东渐本末》，1943年版，第196-198页。
一、除特许船只以外，严禁其他船只驶往国外。
二、除特许船只以外，不得派遣日本人至外国。如有偷渡者，应处死罪，偷渡船及船主，一并扣留。
三、以去外国并在外国构屋营居之日本人，若返抵日本应即处以死罪。但如在不得已之情势下，被迫逗留外国，而在五年之内归来日本者，经查明属实，并系恳求留住日本者，可予宽恕。如仍欲再往外国者，即处死罪。
四、如发现有耶稣教蔓延之处，汝二人①应即前往戒谕。
五、发现耶稣教教士者，应予以褒赏。告发人之功绩优良者，赏银百枚。其他告发人，依其忠行情节，酌量褒赏。
六、外国船来到，应即呈报江户。并应按照往例，通告大村藩主，请其派遣监视舰船。
七、如有发现传播耶稣教之“南蛮人”或其他邪言惑众者，应即押解至大村藩之牢狱。
八、外国船所在各种货物不得由某一地方全部包购。
九、禁止官吏在长崎直接购买外国船之货物。
十、外国船之货物应列单呈报江户。但可以按照往例令其交易，不必等待江户批示。
十一、外国船装来之生丝，应于确定价格后，全部分配于五处②。
十二、生丝以外之其他各种货物，应在生丝价格确定后，按丝价标准，各立行情，进行交易。(附：货物之买卖，限于价格确定后二十日内交易完毕。)
十三、外国船之归期，限于9月20日以前，迟到之船，其归期限自驶到之日起，五十日以内。
十四、禁止外国船将卖剩之货物寄存于日本，并禁止日本人接受此等寄存。
十五、五处之商人限于7月20日以前抵达长崎。迟到者不列入分配额中。
十六、驶抵萨摩、平户及其他任何之港口，交易必须按照长崎之丝价，在长崎丝价未确定前，不准交易。
上列诸条，应各遵守查照办理。
宽永10年2月28日 此令 曾我又右卫门 今村传四郎 幕府五大臣印