在徽宗朝，无可避免的要和当时朝中的大臣蔡京、童贯等发生联系。而林灵素真人究竟与这些奸诈之徒关系如何，却有不同的说法。依据元代所编撰之《宋史》中《林灵素传》所记载，林灵素真人当时将蔡京吹捧为左元仙伯，王黼为文华吏，盛章、王革为园苑宝华吏。郑居中、童贯这些奸臣，都是天上的神仙。后代历来也都根据此，认为林灵素真人与这些徽宗朝的奸臣，同流合污，其实如果我们考察同时代其他人所写的书籍，即可发现这种记载，并不符合史实。
宋代皇族宗室赵与时《宾退录》卷一《林灵素传》记载，当时京师大旱，皇帝命林灵素祈雨，但未有感应，没有降雨，当时的重臣蔡京就上奏朝廷，言其妖妄，希望皇帝治罪，如果双方同流合污，关系密切，蔡京又为什么希望徽宗治林灵素罪呢?其理显然不通。
后来徽宗密召灵素，让他尽快求得三天大雨，这样才可以止住蔡京等大臣的谤言，所以后来林灵素就急招同属神霄派的王文卿真人入朝，因为王文卿真人是神霄甲子之神兼雨部之神，专职司雨，王文卿真人到后，林真人和他一起奏告上帝，果然得到三天大雨，蔡京等这才无话可说。
而宋代名臣赵鼎《历世真仙体道通鉴》也记载：徽宗皇帝自皇后去世后，思念很深，于是就请林灵素真人效仿前代唐明皇请道士召杨贵妃相见的故事，行法召皇后相见，林真人当晚即奉旨设醮行法，飞符相召，对徽宗说：“皇后目前正在西王母处赴宴，一会儿就到。”果然过了一会儿，传来阵阵异香，皇后出现在徽宗的面前，叙说二人前世因缘，当谈及当朝国政时，皇后对徽宗说：“蔡京乃北都六洞魔王第二洞大鬼头，童贯是飞天大鬼母，林先生是神霄教主兼雷霆大判官，徐知常是东海巨蟾精。”并希望徽宗能够诛童蔡党羽，修德行，如此方可免祸。这也可以看出林真人与蔡京等人，非但不是一党，更是秉持忠心，力谏徽宗除奸的忠臣。
当然蔡京等人是不甘心如此束手就擒的，不久就又密奏徽宗，说林灵素有一秘室，蔡京偷偷派人去查看密室内的情况，发现密室之中有黄罗帐、销金龙床及朱红桌椅等僭越用具。以为抓到了把柄，于是又上奏徽宗，愿徽宗亲自前往查看，实证林灵素之罪。结果徽宗即亲自前往密室查看，结果打开密室，里面只有粉墙四面，桌椅二只，其他并无一物。蔡京见此惊惶战惧，只好叩头请罪。
而林灵素不但力谏徽宗铲除蔡京奸党，更对当时被蔡京等所陷害的忠臣，加以保护。一日御宴完毕，徽宗邀请林灵素真人、张继先天师同游禁中一阁，看见其中有一块石碑，即是蔡京等臭名昭著的元佑党人碑。所谓元佑党人碑，是蔡京专权时，将之前他的死对头列名百二十人，其中有司马光、苏轼、苏辙、吕公着、吕大防等，书其“罪状”，谓之“奸党”，立碑于端礼门，每日上朝，文武百官都可见此碑。而林灵素与张继先二人见到此碑时，都低头致意，表示尊敬， 林灵素真人更是直接拿来纸笔，写下一诗，诗的内容是“苏黄不作文章客，童蔡反为社稷臣。三十年来无定论，不知奸党是何人?”显然，这是明目张胆地为元佑党人喊冤叫屈，予头直指蔡京。无怪乎次日徽宗以此诗示太师蔡京，蔡京惶恐无地，甚至请求免官回乡。
凡此种种，皆可证明林灵素真人并非如《宋史》中所说的与童蔡奸党同流合污，而是旗帜鲜明的反对奸党误国，力谏徽宗修德除邪，那么《宋史》作为一部正史，为何会对林灵素真人横加污蔑呢。其实这和《宋史》的编撰者以及编撰时代有关，《宋史》是元代为前朝所编撰的一部历史，不仅对林真人，对当时宋朝忠臣良将都颇有污蔑之词，甚至其中记载文天祥如此的民族英雄，会说出乞降回家，甚至以后可以为元朝顾问咨询之语，可知其所述这些前朝忠义之事，多不足信。而《宋史》的编撰时间，是在元末至正三年，此时经历了之前的佛道论争，道教落败，已然失势，故对道士加以污蔑，也是情理之中的事情。
而上文所引的这些资料出自赵鼎之手，赵鼎不但是林灵素同时代人，更是宋代著名的忠臣，陆游称之为“伟人”，辛弃疾称之为“佐国元勋”，就连他的政敌秦桧，也说他“此老倔强犹昔”，这么一个正气凛然、能和岳飞相提并论的人，如果林灵素如《宋史》所说的是奸臣妖道，赵鼎为何要亲自为其立传，又为何要为他说这些崇敬之语呢?而另一篇《林灵素传》的作者赵与时，是宋代宗室 ，地位尊贵，更不可能为一位奸臣做传，两相对比，我们更有理由相信赵鼎与赵与时所写才是真实的林灵素真人。