说起林灵素皇帝与宋徽宗的缘分，还得从政和五年，徽宗皇帝的一个梦说起，当时徽宗皇帝梦见东华帝君召他到神霄宫做客。徽宗走进天宫，碰到一个骑青牛的道士，身边跟着两个随从，为他持幡仗剑开道。那道士到徽宗面前山呼万岁，说：“今天有机会见到天子圣颜，真是臣之万幸。”说完，道士骑着青牛走了。醒来之后，徽宗皇帝觉得奇异非常，于是就下旨当时的道录徐知常去寻访关于神霄的道经、道术。徐知常本身并不了解神霄派的法术，想起林灵素真人，常常提到“神霄”二字，还曾经写过《神霄诗》。于是就向徽宗皇帝推荐林灵素，徽宗见到林灵素觉得非常眼熟，问道：”你以前是不是当过官的?朕怎么看你眼熟呢?”林灵素哈哈一笑道：“有一次上朝面见玉帝时，曾在路上和皇上有一面之缘。”徽宗一拍脑袋：“是啊，朕想起来了，当时爱卿正骑着一头青牛。”从此徽宗皇帝对林灵素委以重任。并依林灵素所言，命天下皆建神霄万寿宫，开神霄箓坛。
京城神霄宫建成后，徽宗率蔡京和群臣庆贺。早斋罢，徽宗引百官游观，忽吟得上联：“宣德五门来万国。”并问身边的蔡京等大臣，有谁可对出下联，蔡京等都沉思良久，难以回答，此时徽宗就问林灵素：“法师能否对上?”林应声而答：“神霄一府总诸天。”徽宗大喜，遂令林灵素修正一黄箓青醮科仪，编排三界圣位，校正丹经子书，并在每月初七日，与宫中高升法座，讲经说法。
徽宗皇帝有一天晚上自己在宫中书写了一封青词奏章，写完之后自己亲自密封火化上奏，第二天遇到林灵素真人，就问到：“爱卿曾经说过能够知道天上之事，我昨天晚上自己奏上一封青词，不知道是否到达天庭。”林真人回答说：“青词未能上达天听，因为其中写错了一个字，所以被值日灵官所收。”接着就将昨日皇帝所写的奏章内容一一读诵出来，徽宗皇帝大感吃惊，不由得赞叹林真人，真是聪明神仙也，并封为玉真教主。