水稻的发源地是中国，这一论点从考古学上可以证明。目前中国发现有关新石器时代的稻作遗存，包括炭化的稻谷、稻米、红烧上中保存的稻壳和稻草、陶片上的稻谷印痕，长江下游发现12处(如浙江余姚河姆渡)，中游12处(如湖北京山屈家岭等)，其他还有华南，西南等地区，共达30多处，时代从公元前4500年至1000年以前。一般认为，日本的稻作农耕来自中国。
水稻传入日本的路线有三条，即一是从华南、华中经海路直接传入，二是经西南海路传入，三是由陆路(河北、辽宁)或海路(山东)到朝鲜半岛后，再从朝鲜半岛南部传入。其中从地理上看最妥当的是第三条即经由朝鲜半岛的路线。因为在北九州地方伴随出出的大陆系统磨制石器(有柄石剑和石簇、柱状片刃石斧)，除朝鲜半岛外没有发现过，府时从长崎县山寺和原山遗址、广岛县名越遗址中发现了印在陶器上的稻痕。又从福冈县板付水田遗址中发现了印在“夜臼式土器”(绳纹末期的深钵形陶器)上的稻痕和100多粒炭化米。奈良县唐古遗址中也有炭化米发现。在绳纹晚期的遗址中还发现了打制和磨制的石刀，这种摘稻穗用的石刀在朝鲜和中国辽东半岛和华北都有出土。这样，我们可以推测，掌握水稻栽培的人带了稻种和生产工具，从朝鲜半岛南部越过对马海峡，将水稻耕作技术传到日本。不过最近一般倾向“华中说”，即长江下游经东海而传人朝鲜和日本，时间大约是公元前10世纪前后，或许要更晚些。因而绳纹晚期稻作农耕的出现及弥生文化的进一步发展是由于海上交通而输入的，除稻米之外，石制和木制农具的种类、使用方法，都可以从长江下游的遗物里找到渊源。
关于水稻传入时间，据日本人研究，其上限是在绳纹时代晚期后半部分，首先传入北九州的北端，所以说北九州是日本水稻的诞生地。我们从战后发现的板付、登吕两大水田遗址来看，当时的水田很有规划，有较完善的灌溉系统，具有现代水田的雏形了。