战后的衰落
抗元战争胜利后，幕府的统治转向衰落。同承久之乱时不同，抗元战争后幕府没有得到没收自政敌的土地，幕府无法使获有战功而纷纷来到镰仓要求恩赏的御家人得到满足，从而破坏了由“奉公”取得“恩赏”的这个幕府同御家人关系的基础。
御家人为弥补战争给自己造成的经济损失和恢复自己的实力，就加紧侵占“公地”并通过大搞自13世纪中期开始采取的“地头请”和“下地中分”的办法蚕食庄园，加速了地头、庄官等既脱离“本所”、“领家”，又脱离幕府，形成独立的封建领主的过程。但是多数御家人却因战争负担而穷困没落了，开始把土地典当给高利贷者或卖出。幕府为了防止其政治军事支柱继续削弱，曾禁止御家人出卖土地给商人、高利贷者，但禁令并无多大效果，贫困的御家人仍设法偷偷出卖。于是永仁5年(1297)幕府颁布《德政令》，规定禁止买卖、典当御家人的领地，非御家人和商人买得御家人的领地须无偿归还原主，并且此后不再受理有关向御家人贷款问题的诉讼。《德政令》引起了经济混乱，商人抬高物价，高利贷不再向御家人通融资金。所以令颁后还不到一年，幕府就不得不将它取消。御家人的贫困没落加速了御家人制度的崩溃。
农民的处境更加恶化。御家人不论是转为领主或贫困下去，为转嫁战争负担，都加强了对以“百姓名主”为主的农民的掠夺，致使农村荒废，饥谨频发，加剧了阶级矛盾，农民只得以逃散的方式来抵抗。
早在抗元战争前，“百姓名主”中就有一部分上升为武士。这样的武士是没有和幕府结成主从关系的非御家人。这些新兴名主，在货币经济较发达的近畿地方尤多。他们为发展自己的势力，就利用反抗领主的贫困百姓名主、逃亡的下人和所从等下层群众的力量，把他们集合在自己的周围，用弓矢甲胃武装起来，对抗幕府和领主，阻碍年贡的征收，袭击年贡运送队，夺取年贡。统治阶级把这类武装集团称为“恶党”，视同盗贼。在先进地区，恶党暴动早就发生，例如公元1236年在大和，公元1248年在山城国都曾发生过。及至抗元战争后，即13世纪末至14世纪初，农民处境更加恶化，“恶党”到处出现，它的活动已遍及北起出羽、陆奥，南至淡路的日本各地。还有一些不满幕府的御家人，例如一些地头和守护，出于他们反对幕府、蓄养自己实力的需要，往往把恶党拉到自己一边，有的甚至成为“恶党巨魁”。恶党的活动构成了对幕府统治的严重威胁。
得宗专制
在人民反抗日益激烈的同时，幕府内部的矛盾也加深了。迄今在御家人财产继承上通行析产继承制。幕府为防止御家人领地分得过细、带来御家人的贫困，遂改为长子(“(上物下心)领”)继承制，庶子由长子扶养。有一些御家人就以“(上物下心)领”为中心加强团结，形成强大的守护，甚至足以同北条氏抗衡，就象足利氏那样。于是北条氏加强了“得宗”(北条氏嫡长世袭制的家主)的专制统治。作为中央机关的“评定众”和“引付众”等要职皆由北条氏一族担当，置于得宗统治之下。地方守护之职也尽可能由北条氏一族任命。北条时宗借用防备元军来袭，从九州到山阴、山阳各地增加了出身北条氏一门的守护，至幕府灭亡前夕，全日本近半的30国守护之职都被北条氏一族垄断。得宗权力至北条时宗之子贞时(公元1271年一公元1311年)、孙高时(公元1393年—公元1333年)之时，进一步加强。得宗权力主要依靠家臣“御内人”行统治，赋予重要职务。“御内人”势力的增大引起“御内人”同“御内人”以外的御家人“外样”的尖锐对立，终于导致“御内人”代表人物内管领平赖纲同“外样”代表人物安达泰盛(公元1231年—公元1285年)之间的战争。在公元1285年的“霜月骚动”中，安达泰盛一派失败，安达氏一族及其一派的御家人被大量消灭。内战削弱了御家人的力量，并进一步加剧了御家人之间的矛盾。末代执权北条高时又恰恰是一个无所作为之辈，耽于游宴，荒废政事。至此，不论是外样御家人或非御家人，大部分武士的心都已离开了幕府，伺机反叛。而反叛所需要的只是一面能够把他们结合起来的旗帜了。