平安末期逐渐走向正常化的日中关系，镰仓幕府继续予以推进。建保4年(公元1216年)第三代将军源实朝(公元1192年—公元1219年)准备亲率60名随员访宋，只是因为新建大船不能在镰仓的由比海滨下水，才没有成行。镰仓幕府积极与南宋贸易的主要原因是获取南宋的铜钱，因为那时日本自己不铸造铜钱，国内流通的主要货币是宋铜钱。因而日本商船到南宋去的日益增多，如寿永2年(公元1183年)、建久4年(公元1193年)、正治元年(公元1199年)、正治2年(公元1200年)、建仁2年(公元1202年)均有日本商船到甫宋。
这时期对外贸易管理权从大宰府转移到镇西奉行(镰仓幕府统治九州地方的官职)手中，民间贸易得到承认，有了迅速发展。13世纪初拥有船员100名以上的大船每年约有40至50艘到南宋，史载，“侯人，冒鲸波之险，舶炉相衔，以其物来售。”至13世纪中叶，偏安江南的南宋由于铜钱大量外流，苦于铜钱不足，乃提出限制贸易船只的要求。幕府同意这种要求，实行贸易统制，限定船数为5只，幕府则派名为“御分唐船”的御用(幕府)贸易船，直接进入海外市场。中国商人来日的也多，其中有一些定居博多，在这里娶妻生于，往来于两国之间。由于日本国内商业的发展，对货币的需求增大，对宋钱的输入十分迫切。承久之乱后10年，京都的重臣西园寺公经曾遣商船向宋帝献上扁相制房屋，获得回礼10万贯和其他礼物。除铜钱外，输入品中还有江南特产高级丝织品(绢、续、锦);陶瓷器、茶、香料、药品、书籍、文具、绘画、珍贵木材等。输出品一如以前，主要有砂金、真珠、水银、硫黄、刀剑、扇、美术工艺品等。及至元代，由于元朝征日，两国政府间的关系中断，但民间依然进行贸易，幕府对日商出海已不加限制，元政府对日亦采取开放政策，准日商以金易元钱，还命令沿岸所在官司同日船贸易。
入元僧
镰仓时代有大量日僧来宋、元访问，据统计，入南宋僧不下百余人，入元僧更多于此。他们大多从明州上陆，历访江、浙、闽诸寺，云游时饥则斋食，暮则投宿，受所至各地中国僧俗的热情接待。公元1331年入元僧友山士倔访问松江时，适值“巨水为害，吴中禅刹，钟鼓寂尔，游方之土，无放包之地”。在此困境下，该寺僧对这位远来的日本僧友山予以很好的照顾，“苦留过冬”，“视以骨肉”，体现中国人民对日本人民的感情。入宋僧和入元僧旅居中国往往一、二十年。研究佛学(主要是禅学)，兼及儒学、汉诗文学、书法、绘画、建筑、印刷等各种学艺。入宋僧俊乘房重源(公元1121年—公元1206年)巡礼求法时，还钻研了宋代建筑式样，回国参加东大寺的修建工程。明庵荣西(公元1141年—公元1215年)两次入宋学习禅宗，还学得宋代建筑技术和医学，研究了茶的养生效能，他回国后开创日本临济宗(禅宗之一派)，建立禅宗式(南宋式)寺院，并将中国建筑式样带到日本。还有俊范(公元1166年—公元1227年)，于正治元年(公元1199年)入宋，在明州景福寺学禅及律。建历元年(公元1211年)回国，带回佛典、儒书及杂书2000多卷，为儒学在日本的广泛传播作出了很大贡献。
图 兰溪道隆墓塔
到日本的南宋僧约有十多人，著名的有兰溪道隆(公元1213年—公元1278年)和无学祖元(公元1226年—公元1289年)。道隆于宽元4年(公元1246年)到日，接受北条时赖的归依，并为建长寺开山，广收门徒，形成大党派。溢号大觉禅师。祖元于弘安2年(公元1279年)到日、创建圆觉寺。溢号佛光禅师，为无学派。
入元僧中出现不少知名的汉文学家和书法家，雪村友梅(公元1290年—公元1346年)、古源邵元(公元1294年一公元1364年)是其突出代表。雪村旅居中国22年，写下200余首诗歌，其中不少是歌颂两国人民友谊的。人 宋入元僧促进了两国文化的交流。宋、元科学文化的传入对镰仓时代日本科学文化的发展，尤其对医学、雕版印刷、建筑、陶瓷制造、纺织、汉文学、书法、绘画的发展有很大意义。那些应日僧和幕府之请渡日、后来客死日本的宋元僧，为两国友好和文化交流作出了重大贡献。