文德天皇在位八年，猝然辞世，东宫也就是藤原良房的外孙惟仁亲王继位，是为清和天皇。这位清和天皇，被立为东宫的时候才九个月大，登基时也年仅九岁，什么也还不懂，朝政完全由外祖父良房说了算。 天皇虽然还小，藤原良房已经在为他物色妻妾了，人选当然都来自于藤原北家。首先，他把弟弟藤原良相之女多美子送入宫中，然后，又瞄上了长兄藤原长良的女儿高子。不过这位高子据说已经有了情人，坚持不肯进宫。
高子的情人，乃是号称当时第一风流美男子的在原业平。在原业平是平城天皇之孙，被赐“在原”氏而降为臣格，他擅长做诗，格调高雅，广受平安京内贵族女性的仰慕。据说在原业平曾经带着高子私奔，最后被堵截回来，高子送入宫中，在原业平远流东国。然而这未必是个哀伤而动人的爱情故事，因为传说在原业平一生中先后与3333位女性缔结情缘，彻头彻尾是个花花公子。
拉回来再说清和天皇，他的年号是贞观，和中国唐太宗的年号相同。贞观八年〔866年〕闰三月十日夜间，太极殿前的应天门突然起火，连两侧的栖凤楼和翔鸾楼也一并被火海吞没。这或许只是一场天火，并没有人为因素存在，不过朝中各派却藉着这个因头开始互相攻讦，最终导致了一场大清洗。
当时朝中重臣除藤原良房外，还有其弟右大臣藤原良相，除了藤原北家，还有世代豪门伴氏、纪氏〔823年以后，大伴氏避大伴皇子之讳而改称伴氏〕，以及从皇子降为臣格的源氏兄弟。首先，大纳言伴善男告发纵火犯乃是左大臣源信和中纳言源融，并且与藤原良相商议，调左中将藤原基经前往逮捕源信。藤原基经本是藤原长良之子，过继给藤原良房做养子，他当然要把此事向良房汇报，听取太政大臣兼老爹的指示。藤原良房偏袒源氏，上奏清和天皇，请他先派干员前往责问源信，源信当然矢口否认，于是这件事就此搁置下来。
不料，在五个月之后的八月三日，备中权史生大宅鹰取向朝廷告发伴善男、伴中庸父子才是真正的纵火犯，引起了朝廷内外的又一场大骚动。束手无策的清和天皇在八月十九日正式任命外祖父良房为摄政——“重敕摄行天下之政者”，令其收拾事态。良房将伴善男关押起来，开始调查此事。就在这时，伴善男的家臣生江恒山和伴清绳因杀害大宅鹰取的女儿而被捕。在酷刑之下，生江恒山和伴清绳供认出火烧应天门乃是由伴善男、伴中庸父子共谋的。九月二十二日，判决大纳言伴善男、右卫门佐伴中庸，以及伴善男的家臣纪丰城、伴清绳、伴秋实共五人为纵火主犯，应处斩刑，减罪一等，流放到伊豆，并没收了他们的土地财产，另有十名从犯也陆续被处以流放之刑，藤原良房排除了最后一股政治上的异己势力。
大伴氏和纪氏都是日本自古以来的名门。当藤原氏的先祖中臣氏还只是在宫中担任祭祀占卜的小官时，大伴氏、纪氏就已经是天皇身边不可或缺的重臣了。对于藤原氏的崛起和壮大，这些没落的豪门自然是心有不甘。故此，在历朝针对藤原氏的阴谋中，都少不了他们的影子。承和之变后，伴氏对藤原良房刻意压制其他豪族的做法十分不满，与纪氏等同病相怜的豪族逐渐形成了一个反对良房的小集团。良房借这次处理火烧应天门事件的机会，彻底地将这两个旧贵族势力排除出中央政权的核心，而且藤原良相、源氏兄弟的势力也受到了重大打击，藤原良房、基经父子的权势更为稳固。但更重要的是，前此摄政之位只授与皇后或东宫，从此落到了人臣手里。摄政就是“总摄庶政”之意，藤原氏的家长在天皇幼年时出任摄政，天皇成年后称为关白〔“诸事关白”之意〕，逐渐成为不成文的传统。
火烧应天门事件之后，良房完全独掌了朝政大权。