这年12月，西班牙殖民当局以“叛乱、颠覆与非法结社”的罪名，把黎萨尔送到军事法庭审判。虽然没有具体的罪证，但还是判定他有罪，处以死刑。
就义前，黎萨尔写了一首诗《最后告别》。诗中写道：
“方见天际破晓，我即与世长辞。
朦胧夜色已尽，光明白日将至。
若是天色磅淡，是我鲜血在此。
任凭祖国需要，倾注又何足惜。
洒落一片殷红，初升曙光染赤。”
1896年8月30日早晨，黎萨尔被一队西班牙士兵押出圣地亚哥堡垒，向巴贡巴扬广场走去。临刑时，神父和医生想试试他是否害怕，特意按了他的脉膊。结果，发觉他平静得与平时一样。
枪声响了，黎萨尔倒了下去。但他以非凡的力气向右转，让自己仰面朝着祖国的旭日而死。当时年仅35岁。
今天，在马尼拉以黎萨尔命名的广场上，树立着这位菲律宾国父的铜像和纪念碑。碑石上留刻着这样几行字：
“纪念爱国者与烈士
何塞·黎萨尔
1899年12月30日被杀害于巴贡巴扬野外。
此纪念碑由菲岛人民奉献。”