当初，钜鹿人张角自称为“大贤良师”，信奉并传播黄老道，收养徒弟。用跪拜悔过的方式和符水咒语来治病。害病的人很多被治好了，因此老百姓相信并崇拜他。张角就趁机派遣八个徒弟到各地去，用善良的宗教教义来教化天下的人，辗转各地进行欺骗蛊惑。仅十多年间，他吸收的众徒就有几十万，跨国连郡，在青、徐、幽、冀、荆、杨、衮、豫等八个州的人，没有不响应他的。于是张角设立了三十六“方”。首领就称为“方”，相当于将军的名号。大“方”有一万多人，小“方”也有六、七千人，各“方”都设了首领。他又造谣说：“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”。用白土书写在京城官署大门上和州郡官府门上的，都是“甲子”字样。
中平元年，大方马元义等先聚集荆州、扬州几万人的队伍，约定在邺城聚众发难。元义多次来往京师，用中常侍封谞、徐奉等为内应，约定在三月五日在京师内外同时起事。还没等发动起义，张角徒弟济南人唐周就向朝廷写信告发马元义准备起义的秘密。因此朝廷逮捕了马元义，在洛阳将他车裂了。灵帝把唐周的告密信下达给三公、司隶校尉，派钩盾令周斌带领三府的下属官员，查办宫廷内部以及
百姓中信奉张角太平道的人，诛杀了一千多人。并在冀州地区追查太平道，追拿张角等人。张角等人知道事情已经败露，于是不分昼夜地迅速传告各“方”，同时提前起事。大家都系黄巾作为标记，当时人称他们为“黄巾军”，也叫他们作“蛾贼”。他们杀人来祭祀天地。张角称“天公将军”，张角的弟弟张宝称“地公将军”，张宝的弟弟张梁称“人公将军”。他们到处焚烧官府，抢劫村庄城镇。州郡被攻破，长官大多逃跑。十来天时间，天下如回声一样应和他们，连京师也震荡不安。
起义初期，黄巾军的主力分散在巨鹿、颍川、南阳等地，他们各自为战，攻城夺邑，焚烧官府，取得了很大胜利。与此同时，各地还出现了许多独立的农民武装。但黄巾军各自为战，缺乏战斗经验，以致东汉王朝能集中兵力各个击破 。颍川、陈国、汝南、东郡和南阳的黄巾军相继失败。冀州黄巾军在张角病死后，由张梁统率固守广宗。当年十月，皇甫嵩率官军偷袭黄巾军营 ，张梁阵亡 。3万多黄巾军惨遭杀害，5万多人投河而死 ，张角被剖棺戮尸。张宝也随即于下曲阳兵败阵亡，10余万黄巾军被杀害。之后，黄巾余部和各地的农民武装，仍然坚持斗争。青州黄巾一度发展到拥众百万 。后来因作战失利，被迫接受曹操的收编。曹操平定冀州时 ，张燕领导的黑山军也投降。
在它影响下的各族人民起义，持续了二十多年。黄巾起义对于东汉末年的政局产生了深远的影响。为了尽快平定战事，中央下放军权至地方，使得黄巾起义的浪潮无法快速蔓延至全国，减缓了东汉覆亡的危机。但是却造成了地方轻视中央，使得具有野心的将领或官员借着在镇压黄巾起义的过程中拥有兵力割据地方，为东汉末年军阀混战揭开了序幕，更为三国分立种下远因。在农民起义的打击下，腐朽的东汉王朝名存实亡，并最终走向了灭亡。