内阁大臣的建议是写在一张纸上，贴在奏章上面，这叫做“票拟”。而皇帝用红字做批示，称为“批红”。按照规定，皇帝仅仅批写几本，大多数的“批红”由司礼监的太监按照皇帝的意思代笔。以往，按大明祖制，太监读书识字是被严令禁止的。大明宣宗不仅改了这个规矩，而且在他的鼓励下，宫里还成立了专门的太监学堂。后人猜测：明宣宗这一做法，其目的就是让太监牵制内阁的权力。久而久之，一种奇怪的政治格局出现了。
明朝内廷、外廷的机构完全对称。外有内阁，内有司礼监，外有三法司，内有东厂、锦衣卫，外廷有派往地方的总督、巡抚，而内廷派往地方的也有镇守太监、守备太监等等。这样，内廷、外廷相互制约，才能确保皇帝的决策地位。但是，这也造成了内外两大政治势力的争权夺利。
北京紫禁城东部的这片建筑在大明朝叫做文渊阁。明朝的内阁就设在这里。在明朝万历年间，内阁首辅张居正让这个紫禁城里最不起眼的房子成为声名显赫的所在。在文渊阁办公的内阁成为实际上的政务决策者。
表面上，例行的政务流程似乎并没有改变，但决策权却出现了转移。张居正做到这点，理由是：首先，当时的大明万历皇帝还是个孩子，张居正身为皇帝的老师，很容易影响皇帝的决策。再者，万历帝的“批红”是在司礼监冯保指导下完成，而冯保跟张居正关系密切。内阁首相张居正把自己的意见授意他人，写成奏章，再由自己“票拟”赞同。幼年皇帝的批红自然毫无问题。
就这样，大臣的“奏章”，阁臣的“票拟”，皇帝的 “批红”，由内阁首辅张居正一手操控，达到空前一致。他的新政也就毫无障碍地顺利推进。其实张居正的新政推行的并不是十分顺利，改革必定面临利益冲突的争斗，而张本人、冯保、万历(实际上是万历生母)三个权力体系代表者协作，尤其是万历年幼，冯保、张居正素有交情，二人不对峙，使得张居正掌阁初期拥有绝对的权力，可是万历成人之后，情况则有了变化。 自明朝初期以来，明朝的政务中心就在紫禁城这几个地方转换，权力的交替，左右着明朝的国运。宫闱重重之中、争权夺权的阴谋时有发生。
通过明朝几代皇帝的努力，明朝曾经形成了一套完整的内阁政务体系，它在权力平衡方面堪称完善。