希腊和土耳其之间的纠葛由来已久。11世纪时，塞尔柱突厥人进攻希腊所属的拜占庭帝国，希腊人和突厥人开始交恶。14-15世纪，奥斯曼土耳其帝国与拜占庭帝国的冲突达到高潮。1453年，拜占庭帝国首都伊斯坦布尔被奥斯曼土耳其攻占，拜占庭帝国灭亡。希腊大部分领土被突厥人统治。
希腊人具有悠久的古代文明，而突厥人是落后的游牧民族。因此，突厥人统治时期被希腊人视作黑暗时代。希腊人的反抗也从未停止。在奥斯曼帝国与威尼斯人、俄罗斯人作战时，希腊人总是暗中支持突厥人的对手。
1821年，希腊独立战争爆发。希腊人的独立诉求得到英国、法国、俄国的支持。1827年，希腊人在在纳瓦里诺(Navarino)海战中取得决定性胜利。1830年，土耳其接受英法俄签署的《伦敦议定书》，承认希腊独立。
(1830年，首任奥斯曼驻希腊大使赴任)
彼时，众多希腊语地区如塞浦路斯等仍被奥斯曼土耳其统治。而希腊人的理想是恢复拜占庭帝国的疆域。因此，在后来的克里米亚战争、俄土战争、历次巴尔干战争及第一次世界大战中，希腊都站在奥斯曼帝国的对立面。
第一次世界大战时，希腊参战目标是获得伊斯坦布尔、伊兹密尔等地。英法则承诺将希腊族为主体的塞浦路斯归还希腊。1918年奥斯曼帝国崩溃，希腊军队占领了伊兹密尔等地，但是很快被土耳其共和国军队驱逐出去。
1930年，希腊和土耳其签署协议，希腊放弃对土耳其的领土诉求。1934年，希腊和土耳其与南斯拉夫、罗马尼亚等签署《巴尔干协定》，承诺相互提供援助，并以和平方式解决争端。1941年，希腊遭遇灾荒，土耳其是第一个提供援助的国家。
二战结束后，希腊和土耳其均成为美国盟国。1952年，两国同时加入北约。1954年，希腊、土耳其和南斯拉夫签署新的《巴尔干协议》，相互支持共同防御苏联。但是好景不长，从20世纪50年代起，希土关系就因为塞浦路斯问题显著恶化。
当时，塞浦路斯的希腊人强烈要求和希腊合并，这引发塞浦路斯土耳其族的不满。两国针对对方族裔的攻击开始出现，双边关系恶化。最终，希腊停止了和土耳其的所有合作，《巴尔干协定》也名存实亡。1960年，英国允许塞浦路斯独立，希腊和土耳其均在岛上驻军，保护各自族裔居民。同年，塞浦路斯共和国成立，希土两族组成联合政府。但是1963年，两族发生武装冲突，联合政府崩溃。1974年，土族的北塞浦路斯宣布独立建国，由此造成塞浦路斯的南北分立局面。时至今日，塞浦路斯问题一直是希腊和土耳其关系的“痛点”。