约德尔将军和另一位德国代表汉斯·格奥尔格·弗里德海军上将。盟国代表严肃地问德方，他们是否理解德国应遵从的投降条款。他们答复称是。约德尔将军在无条件投降书上签字后说，他想讲几句话，即获准。他用低沉的德语说：“签字之后，德国人民和军队的福祸吉凶，就由胜利者决定了。”他继续说：“在这场延续5年多的战争中，他们得到的也许比其他任何国家和人民多，但同时遭到了更多的苦难。”
约德尔德国在投降时请求战胜国对德国人民与军队宽大为怀。但他忘了德国无情地进攻，挑起了这场世界大战，进行侵略并建立惨无人寰的集中营。投降仪式结束后，为了表彰约德尔将军在莱姆斯城的表现，乘着官方摄影师在场之时，邓尼茨授予他骑士十字勋章。
不久约德尔被逮捕，一开始，约德尔并未在盟国的所有战犯名单之内。但是俄国人坚持己见，他们想要指控他把希特勒的几乎肆无忌惮地施加暴行的命令转发到在俄国的德国部队。美国人根据杰克逊所主张的集体犯罪理论，终于决定要他完成一份被告名单，这样，戈林代表纳粹领导集团和空军，亚尔马·沙赫特代表工业界，凯特尔代表总参谋部，邓尼茨代表海军，卡尔登勃鲁纳代表党卫军，而约德尔则代表陆军。
在法庭上约德尔极力为自己辩护，最终，阿尔弗雷德·约德尔陆军上将被控犯有破坏和平罪：战争罪和反人道罪，并参与制定或执行犯有这些罪的共同计划和阴谋。
因犯有《欧洲国际军事法庭宪章》规定的破坏和平罪、战争罪和违反人道罪，被判处死刑。但约德尔已被处死6年后，慕尼黑主审法院重新审理了约德尔于纽伦堡的4项主要罪行，结果被认为是无罪的;才撤销他的4项罪行，被宣判无罪。
约德尔被逮捕并移送至弗伦斯堡的战俘营，不久被移送至国际军事法庭—纽伦堡大审审理其罪行。约德尔被起诉反和平密谋罪、侵略计划实行罪、战争罪和危害人类罪四项罪行，除了指控他计划战争的侵略行动外，还有他签署的突击队命令和纳粹党政委行政命令;这2道命令使得许多战俘被处决。此外，约德尔还有非法驱逐和教唆执行将丹麦人和犹太人等群众送往集中营的纪录。尽管约德尔极力否认此事，但法官仍以被提出的证据来说明他与此事的涉入关系。
他的妻子露意丝同律师一起参与了约德尔的辩护，露意丝曾指出，在许多指控约德尔罪行的证物被提出时，控方却拒绝给予辩方任何相关证物，而约德尔自辩时要求的证物和证人也不齐全。即使如此，约德尔也提出了部份指控无罪的证明，如1933年曾帮助希特勒掌控德国。 法院对于他执行希特勒命令的指控，约德尔表示自己仅是服从命令，而控方也提出许多约德尔曾说过的争议言论(如对元首希特勒的崇拜)，对此约德尔并无回应，但绝不认罪，即使是“在上帝、在历史和我的人民面前”。
关于约德尔的刑罚，盟军之间有些争议，苏联则是强烈要求死刑，约德尔最后也被如此判决;虽然他曾要求法庭执以枪决，但被拒绝而处以带有侮辱性质的绞刑(与凯特尔相同，于1946年10月16日行刑)。约德尔生前的最后一句话是：“我向你问候，我的德国。”说完后18分钟约德尔就被处死。
他的遗体于慕尼黑火化并将骨灰撒入伊萨尔河的一条支流(为了防止以后有人前来吊唁或是民族主义者于该处建立起集会地点，如墨索里尼的坟墓设于意大利普雷达皮奥)，最后他的家人为他在女士岛(Frauenchiemsee)公墓立一个墓碑。
纽伦堡对约德尔的判决引起了美国军界的争议。在1953年2月28日，慕尼黑主审法院(München Hauptspruchkammer)重新审理了约德尔于纽伦堡的4项主要罪行，结果被认为是无罪的;法国法庭庭长亨利·德·瓦布尔(Henri Donnedieu de Vabres)也宣布1945年对其做的判决是错误的，并将自1946年收押的财产归还给他的遗孀。
约德尔的有罪判决到了1953年被巴伐利亚州长消去(有不少西方盟军将领支持)，当时约德尔已被处死6年，才撤销他的4项罪行。