明朝的历史到了万历年间，进入了一个转折点。一场接一场的内部斗争逐渐拉开了帷幕，在每场战争中，都是所谓的正邪之争，其实在正邪的背后是一场巨大的阴谋……
万历前10年，张居政专政时期和万历亲政的前四年，朝政还算是比较清明。士大夫的表现也没有什么可提的。
但从万历十五年开始，酒色财气都占了的明神宗开始怠政，开始20多年不理朝政的漫长岁月，也就是在此时，晚明的党争形式逐渐开始酝酿。
万历朝后期开始的党争有三个特点：一是党同伐异，将本党的好恶变成判断是非的主要标准;二是对立的两个派别在分野之后，各自一直保持其基本阵容，直至明朝灭亡;三是融合了统治阶级内部的各种斗争。
简单总结一句，万历朝代的党争是以所谓的正邪之争开始的。
首先是争国本，因为明朝年间万历十分宠爱郑贵妃，在没有嫡子的情况下迟迟不立自己的庶长子朱常洛为太子。因此朝臣们据理力争，经过长达15年的时间，明神宗最后被迫立朱常洛为太子。
国本之争的胜利，在士大夫中酝酿了正气。随后的几次京官考察和楚宗案，都是正邪之间的交手，争得内容呢也主要是以争夺首辅和朝中的官员任命为主。
万历四十三年(公元1615年)五月，有一男子，手持木棍，闯进太子朱常洛居住的慈庆宫，击伤守门的太监，太子内侍闻讯赶到，在前殿逮捕了这一男子。
在提审过程中，得知这一男子名叫张差，他说话颠三倒四，常提到“吃斋讨封”等语，刑部提牢主王之寀认为事有蹊跷，觉得张差决不像疯癫之人。
于是，东林党主张继续追查张差是否是真疯癫，而浙党为保全郑贵妃的地位，不主张继续追查。在这次斗争中，东林党的王之寀利用威逼利诱，套得张差口供。
终于知道张差是受郑贵妃手下两个太监刘成，庞保指使的。但张差和两个太监都被处死，调查也就此止住。史称：梃击案，这场斗争，东林党获得了胜利。在随后的京察中，五党大为得势，将东林党人大肆排挤出去。一直到万历死前，五党都是在朝廷中大占上风的。
随着明神宗的去世，光宗即位。东林党的势力重新抬头，因为东林党在争国本和梃击案中对光宗的帮助很大，所以明光宗大力起用了东林党人。
但光宗仅仅即位一月，就因为食红丸而死。随着光宗的死，移宫案和红丸案又给东林党人提供了表现的机会。
移宫案是在光宗死后的第二天，以左光斗，杨琏等人为首，他们让既不是光宗正宫，也不是熹宗生母的李选侍移出乾清宫，不准他和熹宗一起居住乾清宫。
因为司礼太监王安在东宫时就和李选侍不和，所以在移宫一事上王安也支持东林。《明史》中为了替东林说话，说李选侍和客、魏是一党，这是不正确的。
从当时的情况看，李和客、魏并没有合作的基础。在大臣宫外的促请下，熹宗和王安在宫内催逼下，李选侍被迫移宫。虽然《明史》中说，李选侍不肯移宫是想以拥皇太子以自重，但东林逼李选侍移宫也是担心会出现武则天垂帘那样的事情。
从后面的历史情景来看，东林这些书呆子们输得很惨，因为光宗的皇后早亡，李选侍移宫后，后宫没有女主主持。熹宗因为年幼，所以只能依靠乳母客氏，客氏成了皇太后，魏忠贤成了监国。
移宫这件事上，东林党鼠目寸光，只顾眼前的利益导致后面自己集团的毁灭。
移宫后，东林党人又继续清算红丸案。本来光宗的死因很难断定就是因为红丸致命，但刑部主事王之采更直指光宗之死与郑氏、光宗宠妃李氏等阴谋夺权有关。
天启二年(公元1622年)，明廷将崔文升发遣南京，李可灼遣戍边疆。“红丸”一案由于各派的争斗总算草草了结，但其中的疑点并没有弄清楚。后人为此曾进行过一系列的考证和争论，但最后也都没有结果。
因为在移宫案中熹宗对东林有好感，所以从天启元年到天启四年，明朝朝政处在东林党的掌控之下。东林党继续打击浙，楚等五党，将朝中的“邪派”多数清除……
东林党与群小及其皇帝后台之间的斗争，全部围绕“公”、“私”二字。东林党用“公”字衡量一切，只要不合于“公”，即便面对皇帝，亦不妥协。
显然，这是一个有着共同政治伦理的士大夫集团，虽然还谈不上有意识的、成形的组织化，但这样的政治家群体，在中国历史上是头一个。