摩根1635年出生于英国的威尔士，1688年病死，在以短命而著称的海盗生涯中，他算是活得最久的。
摩根的童年无法追溯，他最初也许是作为契约工人来到加勒比海的，后来变成了牙买加岛上的一名英国士兵，结识了不少小偷、骗子、逃奴和杀人犯，这些人纠集成很多帮派的海盗，那时候英国正在抗击西班牙人，海盗们怀揣抢劫特许状四处攻击西班牙的商船和居民点，成为得力帮凶。
1663年，摩根带人去中美洲大陆袭击西班牙人的地盘，掠夺了大量财宝，之后回到牙买加的皇家港，娶了叔叔的女儿，被任命为皇家港的准军事部队的司令官;1668年，他已经成为英国海军中将，掌管一支由15艘船和900多船员组成的舰队，与此同时，海盗们推举他成为牙买加海盗的总头目，脚跨黑白两道，摩根成为当时“最可怕的人”、“海盗之王”，他以作战策略之精、远征范围之广和无数次的胜利而闻名加勒比海。
同年，他攻陷了西印度群岛第三大城市贝略港，该城固若金汤、很难拿下，摩根想到一个卑鄙的主意，他命令手下做好城梯，将所有能抓到的牧师、修女全都抓来，利用西班牙人对宗教的虔诚攻城。
在第二年的第二次远征中，摩根在旗舰牛津号上举办了一次疯狂的起航派对，一名醉酒的枪手射击时产生的火药点燃了火药桶，350人被烧死，但这次远征同样以胜利告终，摩根截获了大量战利品。
彼时西班牙和英国开始处于和平状态，西班牙国王威胁，如果不将海盗绳之以法，就要向英国宣战。摩根在一次满载而归后被投入监狱。
由于摩根太有影响力，国王决定以毒攻毒，授予他爵士爵位，任命他当牙买加副总督，并担任海事法庭法官，审判海盗。而摩根表面上拥护打击海盗政策，实际上却继续勾结海盗，为他们招募船员，并获取分成。他为此数次被送上法庭却不思悔改，最终被解职。
1688年，53岁的摩根已经沦为一个醉鬼，一名黑人巫师替他灌肠并为他的全身敷上黏土，这反而加重了他的病情。不久之后，这位海盗之王便一命呜呼了。
摩根被埋葬在皇家港的教堂墓地中，并随着2/3港口在1692年的海啸中被淹没。英国人无法忘记以前繁华的皇家港口，决定在原址上重建城市，但是1703年，重建后的海港又被淹没在一场火灾中。当地人只好向金斯敦转移，后者在之后的两百年间遭遇过起码10次霍乱、飓风、地震、大火，损失惨重，这两个因海盗而兴盛起来的城市仿佛受到诅咒，厄运连连。
1703年后漫长的一百多年中，每当风平浪静，人们仍能清楚看见海底“海盗都城”皇家港的影子。