密折是将奏文写在折叠的白纸上，外加上特制皮匣的奏折，外人无从得知。密折制度始于康熙晚年，完备于雍正朝。
历史
唐代武则天时已有告密制度，明朝有东厂锦衣卫等特务政治。康熙帝曾言：“令人密奏并非易事。偶有忽略，即为所欺。”雍正皇帝允许的官员如岳钟琪才能上奏折，缮写时须亲自为之，不可假手于人，一切听闻皆可上报。写毕将奏文写在折叠的白纸上，外加上特制皮匣，皮匣的钥匙备有两份，一份交给奏折官员，一把由皇帝保管，任何人都无法开启。官员自派亲信家人送抵京城，不可扰累驿站，直达御前。并由皇帝亲自批答。雍正七年，雍正建立军机处以专一事权。军机处负责密折，皇帝特许的下级官员可直接向皇帝弹劾上级长官，密折奏事使政令完全体现了皇帝的意志，使得君主专制、中央集权达到极限。
作用
清朝采用密折制度，允许和鼓励四品以上的中央和地方官员，直接向皇帝递密折。密折制度的作用有两个，一是使得朝政进一步黑箱化，增添皇权的神秘感。
二是起到了使官员、尤其是同僚，相互告密的作用。比如一省之内，督抚、布政使、按察使、道台都可以独自上折密奏，那么谁还有胆量背着皇帝做不臣之事?密折制度使得同僚变成了“特务”，谁都有打小报告的可能，自然是防不胜防，于是只好老老实实。
三室大大提高了行政效率，皇帝对密折的重视程度高，有着优先御览的特权，真正实现了及时的下情上达。
四是实行密折制，等同于广开言路，群臣可以直言进谏，使大臣们相互牵制，加强了皇权。
五是密折奏事的权利只有得到皇上宠信的人才能享有，臣子们为了获取皇帝的信任，纷纷献媚，进一步加强了中央集权。
案例
雍正密折制度
康熙帝喜爱出行，木兰围猎。雍正帝却没有这份闲情逸致，他继位后，下诏罢免鹰犬之贡，宫中的畜养珍禽全令放出，一个不留。史料中记载，在统治帝国的13年当中，雍正的大部分时间是在紫禁城和圆明园中度过的，很少出京巡游，而如何做到在足不出户便知天下事，这就要靠一项特殊的君臣交流方式—密折制度。
雍正年间，封疆大吏在上任前，皇帝会把他叫到跟前亲自训勉，并交给他一个密匣，上有两道锁，而钥匙则只有皇帝和拿匣子的大臣才有。大臣会不定期地将一些重要情况写成折子，不走正常的渠道，而是用这个匣子直接送给皇帝亲拆御览，皇帝有什么指示意见，随手用朱笔批于折后，然后再密封发还给原奏人，所有内容除君臣二人外界不得而知。
雍正和别的君主相比，有着非同寻常的资质：一是精力过人，除了处理一般政务一天还要批十几封奏折，这种其他君主也许视为畏途的事，雍正做起来却有滋有味，至今仍存的满、汉文奏折达41600余件;二是多疑忌苛，这类实质为“小报告”的密折正是雍正防范臣下欺蒙的利器。
雍正对密折所作的朱批，有时洋洋洒洒一本正经，有时嬉笑怒骂全无避忌，甚至常常不避村俗俚语。朱批内容极其广泛，上至军国要务，下至身边琐事，无所不包。例如，他在朱批中告诫臣子要节省纸张，“一折一封”岂不浪费，“便三四折一封何妨”，也有十分口语化的语言“该!该!该!该!不要饶了他们……”、甚至直言“朕大笑惊讶览之，朕笑的了不得”等等不一而足。
书写这些朱批占用了雍正在圆明园的大部分时间。史书记载，雍正只在自己的生日那天才会休息，13年来，他每天的睡眠时间不足4个小时，在数万件奏折上写下的批语多达1000多万字。在中国封建皇帝中像雍正这样勤奋的十分罕见。雍正皇帝把康熙朝就已经存在的密折奏报制度调控得更为完善和严密，康熙一朝，具折奏事的官员有100多人，雍正朝则增加到了1200多人。通过这样的密折制度，雍正足不出户便通晓天下事。
雍正初年的一天，有一个官员买了一顶新帽子，第二天上朝“免冠谢恩”，雍正皇帝跟他半开玩笑地说，不要把你的新帽子搞脏了。状元出身的王云锦有一天跟亲朋好友玩“叶子戏”，叶子突然丢了一片。第二天上朝，雍正皇帝问他昨晚上怎么打发的，王云锦如实回答。雍正皇帝笑道：“不欺暗室，真状元郎。”然后从袖子里拿出王云锦昨晚上丢失的那片“叶子”，对他说，“拿回去把那一局接着玩儿完吧。”王云锦惊得目瞪口呆。
正大光明殿东侧有五间叫做“洞明堂”的大殿，每年秋末霜降后处决犯人时，皇帝都会在这里逐一核准“勾到”，对犯人的命运做最后的裁定。皇帝“勾到”之处，紫禁城内懋勤殿，避暑山庄是依清旷，香山是正直和平殿，圆明园则是洞明堂。清史稿中记载了这样的一次“勾到”，雍正十一年(1733年)，皇帝御驾至洞明堂，一边阅读黄册一边听相关官员宣读人犯案情，雍正听罢，如果表示“情有可原”，该犯便免于笔勾，若“法无可贷”便令大学士笔勾该犯姓名，判以立决。勾到这天，所有人犯都要被绑缚刑场，听候皇帝的处置。雍正勾点完毕，刑部立刻派人飞马传旨，被点到名字的犯人就会被人在脸上用笔书“斤”或“交”字，意为斩首或是绞刑。免于死刑的人就会被送回大牢，民间称之为“陪绑”。