政治视角
蒲寿庚在宋元鼎革之际，导元倾宋，叛宋仕元，性质极其恶劣。泉州穆斯林世代受到南宋优待，却在南宋危难之际恩将仇报，屠杀泉州的南宋皇族、官员、为了讨好蒙元，又屠杀了数万平民，连蒙古人都感到非常吃惊。当时蒙古灭宋，相对之前已经相当客气，连蒙哥遗命中必屠的钓鱼城都没屠。所以说蒲寿庚为了保全泉州才投靠蒙元完全站不住脚，更何况当时蒙古灭宋的过程中蒙古人对待最残暴的就是这些居住在泉州的穆斯林。
泉州惠安陈氏家族起义兵抗击蒲寿庚，掩护二帝南逃，被蒲寿庚家族追杀。元兵实行剿乡灭族策略，不仅火烧晋惠安许汉青、许夫人的家乡许宅巷、陈厝坑，迫使二乡的许、陈、曾三姓族人四处奔逃。南诏许姓氏族因事牵抗元，亦惨遭清剿杀戮，几于灭族。泉州清源少林寺僧众反蒲寿庚之降元，遭蒲寿庚和元将奇握温思的镇压，他们率元军万人冲进少林，千余僧众被屠，只剩数十人逃出。通过残酷无耻的屠杀和镇压，蒲寿庚终于将泉州控制在手里，成为元庭的忠实走狗。
到了元末，蒲寿庚家族又故伎重演，他们勾结当时的提举泉州市舶使色目人那兀纳作乱。但这次蒲寿庚家族再没有宋末那么幸运了，乱兵被元军强力镇压，当地的蒲家乃至许多西域人都被灭门，蒲寿庚等人被掘坟戮尸，遍及泉州城内外的清真寺在战乱引起的宗教仇杀中除一座外全被捣毁。而且，蒲氏家族的噩运并没有随着元朝的灭亡而告终，明朝开国后，朱元璋特令将泉州的蒲寿庚这一脉的蒲氏举族全部打入贱籍，世代不得入仕。而这道命令，在当时的以仁义号称的儒家社会并没有遭到任何人的反对，公道自在人心，在时人的心目当中，这就是蒲氏屠戮赵宋宗族和淮西兵的报应。
明万历18年，泉州府惠安县知县陈豪率领家族成员前往泉州府同安县金宁乡(今台湾金门)居住，陈豪之胞弟陈毅在金门县从事海运行业，成为明万历年间金门县首富，此时陈豪家族跟蒲氏家族恩怨结束，陈豪立下祖训，陈氏子孙者世代不能与蒲氏通婚。十年后，陈豪病逝于金门，享年68岁。清乾隆年间，乾隆皇帝爱新觉罗 弘历为陈氏祖厝题词《正大光明》，赞扬陈氏家族爱拼才会赢的闽南精神。
时至今日，每年陈氏家族都会有人前往祖籍地泉州惠安祭祖。
明陈懋仁：称其“顽暴寡劣。”顾祖禹：“狼子野心，背宋而潜献地于元。”
经济视角
后人认为，他因海上贸易积累财富，是泉州商人的典型代表。而对于他弃宋降元的行为，姑且不论君臣伦理，客观上确实使得泉州港免遭战火，为泉州港在元代成为世界最大的商港奠定了基础，使中国的海外贸易也得以继续发展。
加上蒲寿庚曾任泉州市舶司提举，清楚地知道市舶司及海外贸易对于泉州港的重要性，因此，进入元代后，当元世祖因用兵多年急需财力时，他便及时地给出恢复外贸的建议，借此保住了泉州市舶司的地位。这一些，对于泉州港在元代的崛起，都有着客观的推动作用。
此外，为使元代外贸更顺利的开展，蒲寿庚还促成了元世祖忽必烈对海神妈祖的加封。这也使得当时从事海上贸易的人们有了精神信仰，能够更无畏地出海闯荡。当然，他此举也是福建乃至东南沿海能形成妈祖信仰的推动力之一。