一般工具书对“耗子”的解释，止于“耗子即老鼠”，或“某些地区把老鼠叫作‘耗子’”，都未说出个所以然来。
其实，把老鼠叫耗子，是有其“历史原因”的。五代时(公元907—960)封建军阀割据，争战频繁。统治者为了自己穷奢极侈的享受，变本加厉搜刮百姓，他们给苛捐杂税立了许多稀奇古怪的名目。
据《旧五代史·食货志》记载，赋税除正项之外，还有许多附加税，如农家吃盐要上盐税，酿酒要交酗税，养蚕要上蚕税。
不仅如此，附加税之外还有附加，名为“雀鼠耗”。官府规定：每缴粮食一石，加损耗两斗。连丝、棉、绸、线、麻、皮这些雀鼠根本不吃的东西，也要加“雀鼠耗”，每缴银十两加耗半两。
到后汉隐帝时，“雀鼠耗”由纳粮一石加耗两斗，增到四斗，百姓更是苦不堪言，但又不敢公开抱怨皇帝，便将一肚子怨气发泄到老鼠身上，咒骂老鼠是“耗子”。这一说法，便流传至今。
《梁书·张率传》
据《梁书·张率传》载，南朝齐、梁文学家张率性情宽厚，有一次派遣家僮给家中送去三千石米，到了家里一称，竟然少了一多半!张率询问家僮为什么少了这么多，家僮回答道：“雀鼠耗也。”张率闻言大笑道：“壮哉雀鼠!”这些麻雀和老鼠也太厉害了，居然消耗了一千多石米!
不过张率笑过之后，并没有追究家僮的贪污行为。后来人们就把正税之外附加的钱粮戏称为“雀鼠耗”。“耗子”这个称谓中的“耗”即由此而来。民间出于对苛捐杂税的痛恨，因而把老鼠称作“耗子”，希望它们嘴下留情，不要“耗”得太多，以免“雀鼠耗”全都转嫁到百姓头上。
还有一种由来：
道教中有一颗大耗星，主破财，因此古代民间在每年的正月二十五日都要祭祀大耗星君，祈求它不要使粮仓中的存粮损耗过多，这个节日叫“填仓节”。大耗星君是仓神的配神，清代的《燕京旧俗志》载：“相传仓神为西汉开国元勋韩信，俗称之曰韩王爷……尚有配享之神四尊：一老者，两壮者，据称为掌管升斗之神;另有一面目狞恶者，则系为流年星宿中之大耗星君，所以配享此君者，系传掌管仓中之耗子。”由此可知，大耗星君的职责是掌管粮仓中的耗子，因此人们才会把它作为仓神的配神来祭祀。