731部队的前身
是石井四郎于1932年在中国东北哈尔滨市郊的背阴河设立的东乡部队。该部队最早的开始进行了在日本国内无法进行的人体实验。
1932年，石井四郎率部队修建中马城，在哈尔滨市郊的监狱。1935年的一次监狱暴动迫使石井关闭中马城。石井到离哈尔滨更近的平房区重新设立一个新的设施。
673部队在黑河孙吴县建立细菌实验基地，包括动物饲养、制菌室等300间建筑。
得名由来
“731”在“背荫河时期”(1932~1934)有三个历史名称：对外称“关东军防疫班”,而内部的秘密称呼是“加茂部队”或“东乡部队”。日本学者松村高夫在《战争与恶疫》一书中写道：“(1932年石井四郎)在哈尔滨东南约70公里的五常县背荫河的防疫班(东乡部队)开始了细菌战研究。”台湾学者藤井志津枝在《731部队———日本魔鬼的生化恐怖》一书中写道：“1932年，陆军省、参谋本部和关东军的军头听从石井的建议，首先在哈尔滨附近的背荫河设立‘关东军防疫班’，匿名是加茂部队……”据此可知，在背荫河时期“731”的公开名称是“关东军防疫班”;而其秘匿名称有两个：“加茂部队”和“东乡部队”。《恶魔的饱食》一书的作者森村诚一在他的书中也谈到，731部队老兵们告诉他当时有两个隐秘名称：加茂部队和东乡部队。
关于“加茂部队”名称的来历，是由于“加茂”是石井四郎家乡的名称，而跟随石井到背荫河的人员大多是由石井从加茂招募而来。关于“东乡部队”名称的来历，是由于石井四郎的化名叫“东乡春一”(一说“东乡肇”)，因石井崇拜日俄战争(1905年)中日军击败俄军的统帅东乡平八郎。在“平房时期”(1935~1945),731部队的对外名称先后为“关东军防疫部”和“关东军防疫给水部”;秘匿名称则为“石井部队”、“奈良部队”、“满洲第731部队”等。隆二在伯力法庭上曾供述：“该部队在成立初期是称为‘防疫部’，而在(1940年)改编后则称呼为‘防疫给水部’了。”另一次庭审中又供述：“1941年前，这部队还没有正式番号，只称呼为关东军‘防疫给水部’，同时又叫做石井部队，因为日军中各个部队通常是按该部队长官姓氏来称呼的。1941年，关东军总司令下令全军所有各部队及机关都采用番号时，于是这部队就开始命名为第731部队。”“731部队”一名，1941年以后才开始使用。但今天的人们把日军任何时期的在哈尔滨的细菌战部队都称之为“731部队”。在日本，有的学者甚至把“731部队”用作“日本细菌战”的代名词。
关于“奈良部队”，这是731部队在1940~1942年间向华中地区派出的细菌战远征队的秘密名称。据当时日军大本营参谋本部作战课参谋井本雄男大佐的工作日志《井本日志》记载： 731部队1940年9月至10月曾在浙江宁波一带实施细菌战; 1941年11月4日曾在湖南常德实施细菌战; 1942年7月至8月曾在浙赣铁路沿线一带地区实施细菌战。731部队在实施这三次细菌战时，都组织了一支远征队，由这支远征队与南京的1644部队配合去完成实施任务。这支远征队为什么被称为“奈良部队”曾在1940年参加过远征队到浙江实施细菌战的原731部队老兵石桥直方说：当时负责组织远征队的731部队总务部庶务课主任叫饭田奈良，于是就以“奈良”作为远征队的秘密代称。
旗下部队
细菌武器研究室
设立于日本东京陆军军医学校，位于日本东京新宿，对外称防疫研究室。1997年新宿曾出土很多残缺不全的头颅等人骨，相信曾遭受人为切割。
关东军659部队
本部设于哈尔滨平房区，对外称关东军队防疫给水部，其本部称为731部队。731部队是旧日本军(关东军)防疫给水本部的别名。该单位由石井四郎所领导，因此也称之为「石井部队」。731部队也是在抗日战争(1937-1945)和第二次世界大战期间，侵华日军从事生物战细菌战研究和人体试验相关研究的秘密军事医疗部队的代称。
关东军100部队
本部设于长春，对外称关东军兽疫预防部，下设2630部队等。负责人高桥隆笃兽医中将和松有次郎兽医少将。
北支甲1855部队
本部设在北京的天坛公园西门南侧的神乐署，原国民党中央防疫处所在地，对外称华北派遣军防疫给水部，后称第151兵站医院，也被称为西村部队。1855部队部长初为黑江，后为菊池齐。1939年，西村英二继任。下设三个科：
第1科设于协和医学院，从事细菌(生物)战剂的研究;第2科设于天坛公园西门南侧，从事细菌生产;第3科设于北海旁北京图书馆西原北平静生生物调查所和北平社会调查所，为细菌武器研究所。 [8]
此外，在济南、天津、太原、青岛、郑州、开封、郾城派驻支队等。
荣字1644部队
本部设于南京中山东路原南京陆军中央医院，对外称华东派遣军防疫给水部/中支那防疫给水部，又称“多摩部队”。部队长为桔田武夫中佐，副部队长兼研究课长为小林贤二少佐。下设7个课。荣字1644部队在上海、南京、岳阳、荆门、宜昌等地派驻12个支队
波字8604部队
本部设于广州原百子路中山大学医学院内， 对外称华南派遣军防疫给水部。是日军在中国南部的一支重要细菌战部队。部队长先后为田中严大佐、佐佐木高行、佐藤俊二、龟泽鹿郎。下设6个科：
总务科，科长熊仓少佐 ; 细菌研究科，科长沟口少佐; 防疫给水科，科长江口少佐; 传染病治疗科，科长小口少佐 ; 鼠疫培养和病体解剖科，科长渡边少佐;器材供应科。
冈字9420部队
本部设于马来西亚新加坡，对外称南方防疫给水部。
日本细菌部队在中国境内有五大部队，63个支队。731部队行径只是日本侵略军在占领满洲期间(从1931年到第二次世界大战结束的1945年)犯下的许多战争罪行之一，在这期间，1500万中国人，朝鲜人，菲律宾人，印度尼西亚人，缅甸平民，太平洋岛上居民和反法西斯联军俘虏被杀害。