巡抚，又称抚台，是巡视各地的军政、民政大臣，以“巡行天下，抚军按民”而名，清朝巡抚品级为从二品。
总督，又称督宪、制台，为统辖一省或数省行政、经济及军事的长官，是地方最高级长官，有直隶总督、两江总督、两广总督等等，品级为从一品。
所以，从官衔上来看， 总督要略高于巡抚，而从职务范围上来看，巡抚只掌握一省行政事务，而总督兼管数省，同时在政务之外兼掌军务，不过即便这样，但清朝巡抚却经常不买总督的账，这又是为何呢?
主要原因在于清朝廷的一项规定，这项规定就是总督和巡抚必须互相监督，如果两人中有一人贪污而另一人不加以弹劾，就以私罪给予降职三级的惩处，所以总督跟巡抚的关系，在这种监督的环境下是平等共处的，而在实际的环境更是十分微妙。
由于巡抚的品级终究还是比总督要小一点，所以虽然有参事奏报的权利，但难免会有以上犯下的嫌隙，因此在参奏前往往会顾虑很多，很少有真正上心的，并且即便参奏了，可能会连累到自身，也可能最后是不了了之，谁也不会去做费力不讨好的事情。
至于总督监督巡抚，一般也是有所顾忌，不同省份之间的总督巡抚，往往不会多管闲事，至于同一省份之间的，虽然常常会闹不和，但也不会撕破脸皮，毕竟一个不小心就是就会落得两败俱伤，所以会共同制造表面上的和谐气氛，让皇帝放心。
因此巡抚虽然官小一点，但腰杆还是挺硬，不会太过忌惮总督。而且随着时代的前进，巡抚越来越有底气，比如到清朝末期的时候，安徽江西两省的巡抚就完全不再听令于总督了。