希帕提娅是席昂(Theon)的女儿，席昂身为亚历山大博物馆(Museum of Alexandria)的最后一位研究员，既是希帕提娅的父亲，也是她的导师。希帕提娅并未在亚历山大博物馆中执教，而是在自己的家中讲学。约在公元400年时，希帕提娅成为亚历山大城中柏拉图学派的领导者，讲授数学与哲学，学生中亦有许多知名的基督徒。希帕提娅没有肖像传世，但在十九世纪作家与艺术家的想像中，她具有女神雅典娜般的美貌。
391年，亚历山大城的主教提阿非罗(Theophilus)摧毁了城内的一些异教信仰中心，其中可能包括亚历山大博物馆，并确定包括了塞拉皮雍(Serapeum)神庙(这座庙宇敬拜埃及夜神塞拉皮斯，也是亚历山大大图书馆的子图书馆)。同年，罗马帝国皇帝狄奥多西一世(Theodosius I)颁布禁令，禁止各种类型的异教崇拜，此后，整个罗马帝国的基督徒都投入了打击异教的行列，开始摧毁各种已基督教化的异教会所──尽管在禁令颁布之前，这种现象就已经蔚为风潮。
希帕提娅就身处于当时的“异教徒”与基督徒的冲突之间。当基督徒要求彻底夷平异教信仰，以巩固基督教与罗马皇帝的地位时，两方可说已无达成共识的可能。虽身为异教徒，希帕提娅仍受到许多基督徒的崇敬，后世的一些基督教作者甚至将她的地位提升成为美德的象征，常被描写成至死仍保处女之身。《苏达辞书》(The Suda)便是资料来源之一，《苏达辞书》中描写她将女性卫生用品掷向一个求爱者，借此拒绝他的追求。但各种她身后出现的描述常互相矛盾，因此不完全可靠。
而她的同代人──基督教史学家所奎德(Socrates Scholasticus)在他的所著的《教会史》(Ecclesiastical History)当中，对希帕提娅做出如下描绘：
“亚历山大城中有个名为希帕提娅的女人，是哲学家席昂的女儿，她不但在文学与科学领域造诣甚深，也远远超越与她同代的哲学家们。她承继了柏拉图与普罗提纳斯的学派，向听讲者阐述他们的哲学理念，许多人不远千里而来，只求能获得她的点拨，基于良好的教养，她有一种沉著从容、平易近人的气质，她经常出现在公共场合、出现在当地的行政长官面前，从不因参与男人的集会而羞窘难为情。而对于男人而言，由于她超凡的尊严与美德，他们只有更敬爱她。”
她的学生辛奈西斯后来成为托珞麦斯地方的主教(Bishop of Ptolomais)，辛奈西斯对老师同样既敬且爱，而从他写给希帕提娅的信件中，也揭示了公元五世纪早期亚历山大城内知识分子之间的矛盾。在某一封信中，他抱怨某些在其他领域失败后便转向研究哲学的人：“他们的哲学都是由非常简单的公式组成，当他们要否定或主张什么事情时，他们就像柏拉图那样说‘上帝可证’，阴影会遮蔽这些人无限上纲的论点，不过，他们仍然自负得不得了。”在这封信中，他也告诉希帕提娅“同一个人”指控他私藏“未经修订”的图书[2]，这暗示当时的书籍往往为了服务基督教的教条，而被重新编写──希帕提娅身世之神秘恐怕与此不无关系，正是因为如此，后世才难以找到关于她生平较为可靠、精确的线索。