党务合流
一、组织中央特别委员会，统一党务;
二、特别委员会由宁、汉、沪3方共同推定若干人组成;
三、宁、汉、沪3方中央党部将其职权委托于特别委员会;
四、特别委员会除施行中央执行委员会全部职权外，应负责统一各地方的国民党党部，并筹备国民党三大的召开;
五、规定特别委员会委员的名额32人，候补委员为9人，具体人员由3方共同提出，由中央执行委员会临时会议发表;
六、中央各部部长人选，由特别委员会决定。
政府合流
宁、汉两方政府合并、改组，政府委员、各部部长、军事委员会委员等，皆由特别委员会会议决定。会议推举汪精卫、谭延闿、蔡元培、谢持共同起草统一宣言。
9月13日，武汉国民政府停止办公，汪精卫通电下野。9月15日，在南京召开国民党中央执行委员、中央监察委员临时联席会议，决定成立国民党中央特别委员会，推定汪精卫、蒋介石、胡汉民等32人为中央特别委员会委员，并决定劝蒋、汪、胡迅速来南京就职。9月16日，国民党中央特别委员会在南京正式成立，并举行第一次会议。
机构人事变更
一、推定汪精卫、蔡元培、谢持为中央特别委员会常务委员;叶楚伧为秘书长;各部不设部长，实行委员制，由各委员互选主任1人以统理党务。
二、改组国民政府及军事委员会。推定丁惟芬等47人为国民政府委员会委员，以汪精卫、胡汉民、李烈钧、蔡元培、谭延闿5人为常务委员;推定于右任等67人为国民政府军事委员会委员，以蒋介石、汪精卫、胡汉民、谭延闿、唐生智、杨树庄、李宗仁、白崇禧、李济深、何应钦、冯玉祥、阎锡山、程潜、朱培德等14人为主席团。
三、取消中央政治委员会及各地政治分会，其职权分别由国民党中央党部和省党部、国民政府和省政府执行。
四、设立监察院。
最终结果
同时，发表了《中国国民党特别委员会宣言》，宣告国民党“统一”完成。9月20日，新产生的国民政府委员和军事委员会委员在南京举行就职典礼。国民政府发表成立宣言，宣称：“本政府今后誓当竭智尽能，肃清共党，以拯同胞永脱布尔什维克恐怖之祸，而保持国民革命势力之统一。”实际上，宁、汉、沪3方合作很快又为新的分裂所代替，出现了国民党新军阀混战的局面。
历史意义
当时在南京，有蒋介石控制的“国民政府”和“中央党部”;在武汉，有汪精卫控制的“国民政府”和“中央党部”。另外上海和各地都有一些军阀把持的地方政权，但是主要以南京和武汉，蒋介石和汪精卫为主。由于南京国民政府和武汉国民政府在反共问题上已没有分歧，武汉渐有妥协趋势。而南京的蒋介石在争权夺利的斗争中处境渐显不利，不得不以退为进宣布下野。蒋介石的下台促使南京和武汉方面迅速靠拢，8月25日武汉国民政府迁往南京，南京国民政府同武汉国民政府合并，因南京简称“宁”，武汉简称“汉”，史称“宁汉合流”。“宁汉合流”的实质：他们的阶级利益是一致的。宁汉合流后的政府，仍称南京国民政府。