多年来因统计上的困难，一直没有确切的数字。1945年9月，英国随军记者博比·杰克逊认为人数达到5万。同月11日，《星洲日报·总汇报》引用日本占领马来亚时期出版的《彼南日报》提供的数字，说“新加坡检举不良分子7万余人”。
日本历史学家永三郎在他的《太平洋战争》一书中，引用了1942年出版的《朝日东亚年报》提供的资料，也说新加坡被甄别出的华侨有7万名。1946年5月，英殖民政府市民咨询局进行初步的登记，只查出2721名遇难者。在1947年3月10日开审的检证案战犯法庭上，控方只能根据登记所得，指控日军屠杀了五千以上的华人。但咨询局及华人团体都认为不止上述数目，由于“全家遭难或被难者原属单身，或大人遇难只余童稚，均无从填报，或认为无甚用处，不欲填报”，实际遇害人数要比登记数目大得多。
柔佛州苏丹医生班德拉博士在递交给远东军事法庭的书面证词中就断言：“我相信，在新加坡除去军人外，有15万以上的亚洲人被日本警察秘密处死或拷打致死”。另一方面，日本侵略者则极力压低杀人数目，掩盖罪行。当时负责检证而被指控的警备司令官河村三郎，供证他所负责的市区内只有四五千人被杀，而其他五位被告不是坚持说不知道，就是矢口否认曾经大规模杀害过华人。
1983年，日本新版中学历史教材经日本政府审查后，将“检证”被害人数由两万人改为六千人，这跟某些日本右翼分子极力压低南京大屠杀遇害人数的做法如出一辙。然而，无论侵略者怎样掩盖真相，事实是永远改变不了的。1942年出版的日本《朝日东亚年报》早就提到过，当年在新加坡共有七万人被检举;根据历史学家的考证，因“检证”遇难的华人应超过二万五千名;而新加坡华人也一直都相信，被“检证”杀害的华人当在四五万名之间。无论数字的多寡，都不能减免日军大规模屠杀城市平民的深重罪孽。