马尼拉大屠杀(Manila massacre)也称马尼拉大惨案，1942年1月2日，菲律宾首都马尼拉被日本军队所占领。1945年2月二战太平洋战争末期，日军在南太平洋诸岛节节败退，山下奉文大将下令马尼拉为不设防城市，但海军部队拒绝服从，在美军强攻马尼拉期间发生的持续达一个月之久的屠杀事件，直到2月23日，美国军队重新夺回，据知死亡的菲律宾人总数达10万人以上，平均每天有3000人遇害。死亡的10万人中，哪些是日军直接屠杀的，哪些是双方交火中死亡，已难以判定，因为美军的炮火同样把街道化为灰烬。最骇人听闻的，在圣保罗大学一次杀害994名菲律宾儿童。1945年2月4日至2月10日日军在巴石河南岸肆意奸淫屠杀，烧毁了教堂和图书馆，将避难所的3000名难民烧死，2月5日勒令城中男女分开排列街上，将男子用机关枪射杀，女子肆意强奸后射杀，来不及杀害的无辜百姓则用手榴弹爆炸，尸横遍地。此役日军战死者约12,000人、美军战死者约1,020人，战伤5,565人。平民老百姓死约约10万人至15万人之间。
1941年12月8日，在日本偷袭珍珠港之后仅仅10个小时，日军就对美国控制下的菲律宾发起了进攻，并在一个月之后占领了马尼拉，约有7万人成为日军的战俘。日军将这些战俘押解到100多公里之外的战俘营，全程境况惨烈，史称“巴丹死亡行军”。整个行军过程中仅在出发的时候给了战俘吃了一个饭团，此后一路上不许战俘喝水进食，凡是企图找水和食物者，即被日军以刺刀或开枪处决。一路上因饥渴而死或者遭到日军处死的战俘超过1万人，其中绝大多数是菲律宾人。抵达战俘营之后的两个月内，又有2.6万名战俘被日军虐待致死。
在太平洋战争末期，日军撤离马尼拉时进行了长达一个月之久的大屠杀，遇难菲律宾人总数达10万人。至1945年9月日本宣布投降为止，在战争中死亡的菲律宾军民超过百万。
在“马尼拉惨案”中，最残忍，最骇人听闻的是日军在圣保罗大学一次杀害994名菲律宾儿童。日军先在大学餐厅里摆放了一些点心，把孩子们哄骗进来。正当孩子们吃点心的时候，一个兽兵拉动了藏在灯架内的集束手榴弹，悬挂在儿童头顶的五盏枝型吊灯轰然一声巨响，屋顶掀开了，孩子们被炸得血肉横飞，没死的在奔跑中倒在了机枪的火舌下。