朱棣经过三年的“靖难之役”，终于推翻了侄子建文帝朱允炆，登上了皇帝宝座，是为明成祖。朱棣是以武力算权夺位的，名不正言不顺。为了现固皇位，稳定动荡危机的政治局势，他对建文时的旧臣，那些不肯顺从他的人，展开了血腥镇压。进京伊始，他便下令将早已拟就的“奸臣名单”计五十余人，列到榜上，张贴于朝堂，分列数等，悬赏捉拿。这些人被拿获后，无一幸免。首当其冲的是倡议削藩的齐秦、黄子澄。朱棣亲自审讯，二人抗辩不屈，被灭门杀掉。后来，凡是跟这五十人沾亲带故的，统统清洗，而且顺藤摸瓜，株连左邻右舍，甚至所住村庄都赶尽杀绝。
这次大清洗，史书称之为“瓜蔓抄”，先后被杀的人达数万之多。建文时的辅佐大臣，著名的文学博士方孝儒之死，最为悲壮。方孝儒为官正直，知名度很高。朝野上下很有威望。本已被朱棣逮入狱中，后来朱棣筹备登基时，朝臣么推方孝儒为即位诏书起草人，才将他从狱中放出，受命草诏。然而方孝儒竟穿一身孝服，直奔殿廷，伏地大哭不止。朱棣离座走到他面前，安慰他说：“先生不要自苦了，我是学习周公辅助成王的。”方孝儒问：“如今成王在什么地方?”
朱棣答道：“他已自焚而死。”方孝儒又问：“那为什么不立成王之子呢?”朱棣说：“国家需要一个年长的君主。”方孝儒又追间道：“为何不立成王之弟呢?”朱棣被问得哑口无言，对答不上，只好说：“这是我们朱家的事，先生不必多言。”接着让人拿过笔札来，说：“诏天下，非先生不可。”方孝儒把笔笔扔在一旁，边哭边骂：“要杀便杀，诏书绝不可草!”朱棣恼恼羞成怒说：“想死吗?偏不让你马上就死，难道你不怕诛灭九族族吗?”方孝儒大义凛然，慷慨回答：“即使诛灭十族，你也对我我无可奈何!”
说完拿起笔来写了四个大字：燕贼篡位。朱棣登基前为燕王，“燕贼”当然是骂他了。朱棣狂叫一声，令左右用刀剜方孝儒的嘴，直至耳旁，顿时血肉翻飞，慘不忍賭。朱棣还不解恨，遂把方孝儒的亲族、朋友、门生作为十族，都抓来，让方孝儒看过，但方孝儒始终不肯低头，刚烈到底。朱棣无奈，遂将其牵出聚宝门外，处以极刑。方孝儒的妻子郑氏及两个儿子都自缢而死。两个不满十五岁的女儿在被抓途中也投河自杀。他的宗族亲友及门下连坐被诛诛杀者，共八百七十三人。被发配充军折而死的更是无从计数了。
兵部尚书铁铉死得最惨。铁铉在“靖难之役”中，坚守济南，几乎把朱棣用铁板砸死。朱棣败在铁铉手下，自然恨之入骨，但又很欣赏他的智勇双全，想要留用他。可铁铉被押到殿上之后，竟直立不跪，用脊背朝着朱棣，坚决不肯回头，嘴里还骂个不休。朱棣命人将铁铉的耳鼻割下，烧熟后送入铁铉口中，问：“尝尝这肉味香吗?”铁铉立刻回答：“忠臣孝子的肉有什么不香?”朱棣听出此话又是影射他的，极为愤怒，遂命人将他寸磔了，还放在油锅里烹炸，顷刻间化成焦炭，焦臭味弥漫殿廷久久不能散去。左佥都御史景靖则被剥皮致死。景靖豪放大度，素有贤名。
朱棣为了拉拢他，令他继续担任旧职。景靖并不推迟，仍在朝中干事，有人说他偷生怕死，他也毫不介意。两个月后，他偷偷带了一把ヒ首去刺杀朱棣，结果行刺未遂，反被抓获。朱棣气得令人将他活活剥皮，血肉模糊，悬于长安门示众。事后，景靖全家被杀，株连亲友邻舍，甚至第连他家住的村子都遭到了屠戮。