爆发初期
乾隆六十年(1795年)，湖北各地白莲教首，秘商在“辰年辰月辰日”(嘉庆元年三月初十)共同起事，让教徒制备刀把火药。白莲教的迅速发展和其反清内容，引起了清政府的严重不安，清廷遂下令大规模搜捕白莲教徒。大批教首、教徒被捕遇害，地方官则以查拿邪教为名，行敲诈勒索之实。“不论习教不习教，但论给钱不给钱”，“不遂所欲，即诬以邪教治罪”。各地教首遂以“官逼民反”为口号，号召教徒奋起反抗。
嘉庆元年正月初七(1796年2月15日)，湖北宜都、枝江一带首领张正谟、聂杰人等因官府查拿紧急，被迫提前发起反抗。长阳、来凤、当阳、竹山等县教徒接踵而起。三月初十，襄阳地区的教徒，在王聪儿、姚之富等率领下，按原定日期起义。各路教乱军，互不相属，各自为战，所据山寨或县城，多被清军各个击破。唯有襄阳教乱军采取流动作战的策略，力量迅速壮大，成为湖北教乱军的主力。
在湖北白莲教乱影响下，四川各地的白莲教徒也纷纷响应。九月，达州教首徐添德，东乡(今四川宣汉)教首王三槐、冷天禄等皆各率众发动暴乱。
流动作战
嘉庆二年(1797年)初，襄阳教乱军又开始了大规模流动作战，转战于湖北、四川、河南、陕西，后分三股进入四川。清军只尾随其后，疲于奔命。七月，四川教乱军被清军围困，襄阳教乱军赶到解围，在东乡与四川教乱军会师。各路教乱军按青、黄、蓝、白分号，设立掌柜、元帅、先锋、总兵等职。然而，小生产者固有的分散性与保守性，使教乱军并未真正联为一体，各股仍然各自为战，分散行动。
同年，清廷合州知州龚景瀚献“坚壁清野”之策，嘉庆帝亲政后立即采用。白莲教活动遇到极大困难，他们不得不离开川东北的根据地转战他处。清军终于夺得了战争的主动权。襄阳士绅梁友谷、南充知县曾自柏、梁山知县方积都凭借这一策略捍卫了一方安定。
嘉庆三年(1798年)三月，襄阳教乱军在湖北郧西被清军包围，首领王聪儿、姚之富跳崖牺牲，余部仍继续斗争。四川教乱军也受到重大损失。余部在张汉潮等率领下，与四川义军联合 。
清廷整肃
乾隆末年，乾隆帝崇奢之风对败坏的吏治起到推波助澜的作用，其宠臣和珅的擅权结党更是使腐败进一步加深，库银连年锐减，吏治每况愈下，川楚白莲教乱爆发后地方局势趋于恶化。对于前朝之弊与当朝之患，嘉庆帝心里十分清楚，改革的关键在吏治，而整饬吏治的关键在于惩办和珅。嘉庆四年(1799年)正月初三，太上皇乾隆帝驾崩，嘉庆帝立即对和珅及其党羽采取了行动。直接将白莲教久剿不灭归罪于和珅。和珅一党的覆灭在一定程度上缓和了阶级矛盾，安定了民心。和珅灭而纲纪肃，嘉庆帝终于掌握朝中人事行政大权，从而加快了平定白莲教乱的进程。
嘉庆帝在明确整肃对象之后就立即采取了行动，首先针对的必然是川楚前线大将。据统计，嘉庆帝自嘉庆四年(1799年)亲政到嘉庆七年(1802年)白莲教覆灭的这四年里，于川陕楚前线作战主要的二十三位一、二品大员，都受过或重或轻的处罚。同时下令各路粮官按旬开报、按月汇奏，军中乱支军饷的情况终于有所好转，提高了军队的战斗力。
镇压川楚教乱久战无功，嘉庆帝认为单纯的军事手段并不能迅速取得战争的胜利。于是，嘉庆帝在亲政之后立即逮捕四川达州知州戴如煌、武昌府同知常丹葵等官逼民反的“祸端”。嘉庆四年(1799年)七月，嘉庆帝下令捉拿杀降卒冒功的达州候命福宁，下诏罪己。嘉庆帝又以勒保为经略大臣，明亮、额勒登保为参赞大臣，节制川、陕、楚、豫、甘五省官军进击，从而统一前线指挥。并晓谕州县办团练，依山隘寨堡，扼守要路，坚壁清野，攻抚并施，使义军处境艰难，荆州教匪首领张汉潮等相继牺牲。嘉庆四年(1799年)底，乱军首领冉天元率部由陕返川，大败额勒登保部 。
由于八旗、绿营兵丁在镇压白莲教的战争中表现十分不力，嘉庆帝在裁撤满族带兵大员的同时重用汉族地主武装，也就是其后著名的团练、乡勇。杨遇春、杨芳与罗思举是汉族地主武装的杰出代表，二杨随从额勒登保转战川陕，功勋卓著。平定教乱之后，杨遇春因功升至陕甘总督，杨芳官至甘肃提督。
平定教乱
嘉庆五年(1800年)正月，乱军首领冉天元又联合各路义军抢渡嘉陵江，于蓬溪再败清军，斩总兵朱射斗。不久，集兵江油，以伏击再败清军。后因地主团练增援，冉天元被俘杀，余部万余人南下川西腹地，成都戒严 [1] 。嘉庆五年(1800年)三月以前，教乱军处于发展、壮大阶段。教乱军因得到各地人民的支持，所到之处，有群众提供屋舍给他们居住藏匿，有衣食、火药来不断接济他们，有骡马和草料以备他们随时使用，且有各地教徒为乱军作为向导，多次重创清军。嘉庆五年(1800年)四月四川江油马蹄冈战役以后，起义始转入低潮。
嘉庆五年(1800年)，清廷提出“随剿随抚，但治从逆，不治从教，剿抚并施”的策略，将参与谋反之“乱民”与习教之“教民”区分开来处置，收效甚好。同时清廷又拿出一套实事求是的招抚措施，“其绥靖之法有三，或清查叛产，或量给流亡绝产，或于南山老林垦荒”，在垦荒地区，嘉庆帝还增设提督、总兵加强军事统治。为加快平定白莲教乱的进程，嘉庆帝提出“不论教不教，但论匪不匪”的观点。嘉庆五年(1800年)七月，因勒保在川经略半载无功，嘉庆帝又以额勒登保为经略大臣，对白莲教采取“迎截夹击”的战略，效果显著，川楚白莲教陷入困境。
此后，清廷用分而治之的办法瓦解了教乱军。嘉庆六年(1801年)，清廷颁布《御制邪教说》，强调将参与造反的“首逆”与受愚弄胁迫的“附众”区别对待，一些教徒或临阵投降，或因朝廷招抚策略的推行而归顺，这些措施加快了平定川楚教乱的进程。
白莲教乱人数从十几万减至几万人，许多重要将领相继牺牲。清政府的“坚壁清野”与“寨堡团练”之策，已逐渐推广并发挥作用。通过筑寨堡、并村落，令百姓移居其中，将民间粮秣给养充实其内，又训练丁壮，进行防守，从而切断了教乱军同人民间的联系，使之无法得到粮草与兵源的补充，力量日渐枯竭。
嘉庆六年(1801年)下半年，白莲教乱军活动基本上只限于川楚陕边境地区，转战在万山老林之中，人数已不超过两万四千，而围剿的清军，则十倍于此。教乱军在极端艰苦的条件下，坚持战斗，至嘉庆九年(1804年)九月，起义终告失败。
战争结果
嘉庆三年(1798年)，襄阳白莲教军在湖北郧西被包围，王聪儿、姚之富皆跳崖自杀。此后，清朝推行团练和坚壁清野战术，筑起大量寨堡，将村落百姓强行移居其中，又训练团练进行防守，从而切断白莲教军队的粮草与兵源。至嘉庆九年(1804年)，白莲教军队被全部镇压。
失败原因
没有明确政治纲领
川楚陕五省白莲教乱从性质上来说是一次披着宗教外衣的农民阶级领导的起义，“所谓宗教战争也根本是为着十分明确的物质的阶级利益而进行的，这些战争……都是阶级斗争。” 从本质上讲，白莲教乱仍然是农民阶级反对地主阶级的阶级斗争，“一切社会变迁和政治变革的终极原因，不应当在人们的头脑中，而应当在生产方式和交换方式的变革中去寻找”。
教乱军主要由破产农民、失业工人、流民、棚民及雇工组成，教乱军的领导阶级实际上是分散经营的小生产者，他们思想意识保守、狭隘，与历史上无数次的农民起义一样，由于其阶级的局限性，白莲教的领导阶层仍然不可能提出彻底解放他们的政治纲领。白莲教乱前川楚陕社会这种特殊的社会经济关系，决定了参加起义的阶层的阶级性质，从而制约了白莲教乱不可能提出明确的政治纲领。
白莲教乱军所采取的军事行动，仅为解决生活问题，没有远大的目标，也提不出进一步的政治纲领，而这种没有革命远景的单纯军事行动，不可能经常鼓舞群众的斗志，以号召农民来反抗统治阶级。劳动人民跟着白莲教起来反抗清朝统治者的剥削与压迫只是暂时的现象，白莲教乱军很难取得广大人民群众长期的支持与清军进行长期的斗争。阶级的局限性决定了他们不可能去夺取封建政治重心的城市，更不可能建立自己的根据地来保存和发展自己的实力。
流寇主义风气
游击战争是中国历代农民起义反抗统治阶级的主要斗争形式，但如果仅仅停留在游击战争上，不把大小队伍汇合壮大进行集中统一的斗争，是不可能取得最终的胜利的。白莲教乱军多由破产农民、手工业者、城市无产游民及农场雇工组成，中途更有大量流民加入，他们都受到官僚、地主及手工业场主的剥削及压迫，生活朝不保夕、漂泊不定，经济地位很不稳定。加入教乱军之后，自然会把原来的经济生活习惯及所带有的意识带进乱军的队伍，这种社会根源导致了白莲教乱军在整个起义过程中都采取了流寇主义的作战方式。例如白莲教乱初期，襄阳教乱军从嘉庆二年(1797年)正月到同年十二月，在一年的时间内，两次进入陕西，两次进入四川，绕三省边界转了半个圈子，行程几千公里。白莲教乱军在汉水川楚陕南巴老林地区穿来穿去进行东荡西游的游击战，也没有建立起稳固的根据地进行统一的战争。
在白莲教乱初期，义军的力量不够强大，这种“东荡西游”的游击战无疑是正确的和必要的，但机械呆板的运用势必导致教乱军最后的失败。对白莲教乱军这种流寇式作战方式，清政府应付阙如，采取了坚壁清野、筑堡团练的政策。白莲教始终处于清政府军队的追剿下。清政府“坚壁清野”的政策，切断了乱军与当地人民群众的联系，使白莲教乱军的粮食和兵员得不到补充，教乱军受到重大打击，军事行动难以为继，最终导致了教乱军的失败。
内部宗派主义
白莲教乱军本身是一个个狭隘的小集团组成，它以自然经济为基础，为一个社会特定的阶层或特定的集团利益服务。它几乎吸收了各个阶层的人物，由于各自利益不一致，在反对清政府封建剥削和阶级压迫前进的道路上，必然会有所分化，必然会产生宗派主义。在清政府招抚政策宣传之后，很多已加入白莲教义军的下层群众开始动摇。清政府的这些政策，使得“困极思安”、“久劳思息” 的白莲教乱军纷纷乞降、投诚，出现了“贼伙自行投诚及难民由贼营逃出者络绎不绝”的情况。
战争影响
白莲教大规模起义耗费了清朝政府十六省的数十万军力，并导致十余名提督、总兵等高级武官及副将以下400余名中级武官阵亡。据统计，清朝前后投入超过两亿两白银，相当国库五年的财政收入，使国库为之一空。 而且八旗、绿营等清朝正规军之腐朽在起义中暴露无遗，清政府被迫依靠地方团练镇压起义。
乾隆后期，由和珅带头贪渎，各种社会矛盾激化，官僚大肆兼并土地，贪官污吏横行。川楚教乱标志着清朝走向衰落的开始。 川楚教乱平乱不久，直隶、河南、山东诸省又发生天理教领导的天理教之乱。