明太祖朱元璋自胡惟庸案后，废除了历时一千多年的丞相制度，将权力一分为六归于中央六部，同时朱元璋还定下家法，日后倘有奏议复立丞相者，杀无赦。但是，以宰相为主的官僚体系是一个客观的存在，它有着自己的发展运行轨道，客观是来讲是难以取代的。
朱元璋废除相权后，发现自己并不能应付繁杂的政务，到了明成祖时，面对朝政时更是焦头烂额，于是便选了七人入值文渊阁，帮助皇帝处理政务，内阁也就是在这个基础上发展而来。
初期的内阁并没有公开的身份，其成员不过五品衔，被当作是皇帝的顾问和机要秘书。内阁出现后，地位日益重要，皇帝的诏书谕旨，无不出于内阁之手，自成祖后，内阁的品秩不断提高，内阁大学士也开始兼领各部尚书衔，权势日重。
到了明中期后，内阁制度成熟定型，内阁首辅的地位也相当于宰相。朱元璋想尽办法要除掉的相权再次出现，且权力日益增强，并在一定程度上分散了皇权。而内阁对皇权的分散，主要是它的“票拟权”。
明代制度规定，全国各级官员上报皇帝的公文，首先要送到内阁，由内阁先拟旨，然后贴在公文之上交给皇帝审定，一般而言，皇帝都是照准的。后来皇帝的审批权落到了宦官的手里，这样一来，只要是内阁首辅能摆平宦官，双方合作，便能操控大明的一切政务，正是因为这样，才出现了像严嵩、张居正这样的权臣。
到了清代，先后出现了议政王大臣会议、内阁、南书房、军机处等政治中枢机构，尤其是军机处自雍正七年设立后一直到大清灭亡，持续了一百多年的时间，是掌握权力最久的中枢机构。
雍正设立军机处的本意是为解决军需问题，但是后来慢慢取代了内阁成为了权力中心。军机处是一个非正式、不列编、无衙署的部门。也就是说，军机大臣和军机章京都是兼职，这种做法简单来说就是皇帝为了有效控制军机大臣的权力，军机大臣胆敢有异心，也便于随时撤换，军机大臣永远只能充当高级秘书的角色，并不能兴风作浪。
清代最有权势的应该是宗室成员，但自乾隆开始，宗室成员不能入值军机处，目的是为了防止宗室势力抱团结党，从而对皇权构成威胁。而且挑选军机大臣，只需看是否是皇帝的亲信和是否能干，至于资历深浅，则属其次。
在军机处中，满汉官员是相互牵制的，但一般情况下首席军机大臣必须是满人担任，以此来保证满人对军机大臣的控制。我们都知道，雍正对张廷玉可谓宠爱有加，但是在这个问题上依然坚持原则，让鄂尔泰来担任首席军机，张廷玉次之。
就军机大臣而言，其主要职责是协助皇帝处理政务，在皇帝允许的情况下，可以部分参与议政，在任何情况下，军机大臣都要谨守自己的职责，不得有丝毫的逾越。
虽然军机大臣本质上是皇帝的秘书，但是军机大臣由于是各个衙门和地方各级官员的消息汇聚之地，所以军机大臣对政务非常了解，在这种情况下，军机大臣也渐渐有了一些人事任免的建议权，但和明代内阁所不同的是，军机大臣始终不能对皇权构成任何威胁。