清朝官制当中，山东巡抚是一个比较有特色的官职。一般而言，巡抚的官职，都是属于从二品官阶。而山东巡抚却是个例外，它是正二品官阶，比一般巡抚高一个级别，属于特殊情况。全国仅此一例。
出现这种状况是因为，山东巡抚的辖区内，并没有设立一般的地方总督。
它要处理的事务，除了筹集军中所需的粮饷，安抚百姓，考核官员，以及盐务、漕运等事务外，山东巡抚还要负责练兵这样的军务。也就是说，在山东巡抚的辖区内，它是地方上的实际一把手，掌管一省的军政大权。
这跟陕甘总督有很大的相似之处。陕甘总督也是同时掌管地方的军政大权。同样要安抚百姓，管理好辖区内的军队和官员，处理好各种政务、维护当地治安。
不过，跟山东巡抚相比，陕甘总督的辖区是多个地区和省份的。在早期的时候，陕甘总督管辖的省份包括甘肃、陕西、四川三个地方。后来裁撤四川的管辖。所以，这个职位的辖区是经过多番变化的。
不过，这两个职位各自辖区，存在很大的不同。山东靠海，有黄河流过。陕西、甘肃地处西北，较为干旱，当年却有茶马古道的经过。
这种不同，也影响了山东巡抚和陕甘总督在职权上的不同。靠海的环境，又有非常优良的港口，还靠近京畿腹地这些条件，让山东巡抚必须要处理好海防的问题。
到了咸丰五年，黄河改道山东。朝廷又让山东巡抚承担起河道事务。这原本是山东河道总督的职权。
这样一样，山东巡抚就得活活累死了。各种事务，压得人都喘不过气来。尤其是晚清内外交困的时候，事务增多，巡抚往往无暇他顾。
光绪三十四年，黄河决口。当时山东巡抚正忙于检阅兵团，阻止外国人侵占租界，根本无暇顾及黄河决口的事情。对治理水患，产生很不好的影响。
也正是因为山东巡抚要承担许多重要职权。所以，清朝前期的时候，朝廷把这个职位，基本交给满蒙出身的官员。从顺治到嘉庆之间五个皇帝，山东巡抚有75个，其中55人是满蒙贵族。直到咸丰以后，山东巡抚中，汉人官员数量才占据多数。
陕甘总督的官员人选，也差不多是这个情况。直到雍正时期，才开始任用汉人官员。因为在官方正式认证中，陕甘总督是九大封疆大吏之一。而它所管辖的茶马古道，在过去也是一条古丝绸之路。
过去人们从这条商贸路线，用茶叶换回马匹。在过去是西南经济的走廊。这么看起来，只能说这两个职位是职务不同，做的事情不同。地位是一样的。
但实际并非如此。因为山东巡抚没有办法兼任其他官职，而陕甘总督却可以兼任更高品级的官职。比如，陕甘总督会兼任兵部尚书、都察院右都御史。
这是为了他们可以更好节制辖区内的官员和军队。在这个时候，山东巡抚的品级地位，就已经低于陕甘总督了。
不过，这还没有结束。陕甘总督还会兼任正一品的大学士。晚清时，左宗棠就曾在陕甘总督的任上，兼任东阁大学士。让他们有更大的调度权。
并且，在军务上，山东巡抚会受到直隶总督一定的干涉。所以，在总体上，陕甘总督的地位，还是要高于山东巡抚的。