冯厚敦随后率千余义军与清军巷战，负伤力竭之后，对身边的人说道：“为我谢百姓，吾报国事毕矣!”随即拔刀自刺其胸，又一头跳入湖中寻死，后被清军拖出。被俘之后，大英雄阎应元对清军劝降的回答只有三个字：“速杀我!”终被清军杀害。陈明遇关闭县衙放火，将不愿投降的男女大小共四十三人烧死，自己拿刀与清军奋战，最终握刀僵立倚靠在墙壁上，至死不倒。
训导冯厚敦，身穿大明公服在明伦堂自缢而死。江阴百姓在英雄们的感召之下，依旧与清军拼死巷战，清军疯狂屠城，江阴男女老少赴水、蹈火、自刎、投缳者不计其数。由于起事到城破共计八十一天，史称“江阴八十一日”。一些记载夸大了江阴八十一日的战果，声称江阴义军让清军阵亡“三王十八将”，是不符合史实的。
但江阴百姓的反清斗争坚持了整整八十一天，以城内死者九万七千余人，城外死者七万五千余人的重大牺牲，让清军付出了损失七万五千多人的重大代价，举世震惊、可歌可泣!至清朝乾隆年间，乾隆皇帝鉴于统治已经稳固，下令编纂《钦定胜朝殉节诸臣录》和《钦定国史贰臣表传》。对明末清初富有民族气节的忠烈之士褒奖表彰，对叛国降清、奴颜婢膝的无耻之徒斥责鞭挞。
对领导江阴抗清的阎应元、陈明遇、冯厚敦三人分别赐予“忠烈”、“烈愍”、“节愍”的谥号，以示纪念。著名学者纪连海老师在讲到江阴八十一日时，动情地说道：“因为扬州十日是史可法带领正规军打的，是一个政权面对另一个政权的斗争，虽然也很了不起，但这是你政府的职责。