塞尔柱帝国沿袭阿拔斯王朝和波斯萨曼王朝与突厥伽色尼王朝的政治制度，在苏丹下设首相(即维齐尔)，全权代表哈里发处理政治、军事、财政及宗教事务。波斯籍维齐尔尼扎姆·穆勒克曾在艾尔斯兰和马立克沙执政时，集大权于一身，在处理国务中起主导作用。但是由于土克曼人此前为游牧民族，文明定居化时间并不长久，因此保留了大量游牧民族分封制残余，比如帝国的各个省由阿塔贝格(或称阿塔伯克，Atabeg)管理，ata为突厥语“父亲”的意思，beg为突厥语“长官”的意思，两个词连起来读便是“太傅”，因为塞尔柱王子在即位前，需要到各省担任总督锻炼自身的才能，这些地方长官就起到了教导王子的作用，于是得到了这一称呼，这些阿塔贝格大多由塞尔柱贵族担任，集地方军政大权。在经济上，实行军事采邑制，即伊克塔，大部分伊克塔只有使用权，不得世袭，不过军事长官的例外，可以世袭苏丹赐予的土地。
农民用实物缴纳田赋，其中一部分上缴国库。国库耗巨资开凿运河，修筑大道，开办邮政驿站，保证东西商道畅通。在宗教上，信奉逊尼派。在帝国境内兴建大量清真寺，并在巴格达和内沙布尔等地创办以尼扎姆·穆勒克的名字命名的宗教大学，重金聘请各地著名学者任教，传播逊尼派艾什尔里学派的教义学和沙斐仪学派的教法学说，培养宗教学者和政府官吏。
在学术文化上，奖励学者进行学术研究，著书立说。伊斯兰教著名学者安萨里和数学家、诗人奥马尔·海亚姆等皆在朝廷的赞助和支持下完成了他们的学术巨著。还新建天文台，招聘学者从事天文实测和研究，修改了波斯历法，编成著名的《哲拉勒历》，比《格列高里历》还要精确。总体来说，塞尔柱王朝的制度同汉朝、唐朝相似，汉朝开国之初地方有诸多同姓王，唐朝地方则有许多节度使。