1204年4月，十字军攻入君士坦丁堡，拜占庭皇帝阿列克修斯五世(浓眉-穆兹菲乌斯)出逃;拉斯卡利斯家族的君士坦丁被部分守军推举为皇帝，但君士坦丁无力组织抵抗，和他的兄弟塞奥多利(前皇帝阿列克修斯三世的女婿)分路出逃到了比塞尼亚的尼西亚城。
按照分赃协议，十字军和威尼斯瓜分了拜占廷帝国，但建都于君士坦丁堡的拉丁帝国(“罗马尼亚”帝国)实力并不强大、无力控制全部前拜占庭领土，在伊庇鲁斯、特拉布松和尼西亚先后建立了拜占廷流亡政权。其实，特拉布松帝国(由前皇帝安德罗尼克斯一世的孙子们建立)在君士坦丁堡第二次陷落(1204年4月)前几周就已经自立。尼西亚帝国由于距离拉丁帝国最近，占据了光复帝国的最有利位置。
拉丁帝国开始分兵“接收”拜占廷帝国的土地，1204-1205年皇帝鲍德温一世的弟弟佛兰德斯的亨利在小亚细亚半岛西北部的Poimanenon(伯曼农)、Prusa(普鲁萨或布尔萨)以及Adramyttium(今天土耳其的埃德雷米特)先后打败拉斯卡利斯兄弟，在最后一战中(1205年3月19日)，君士坦丁·拉斯卡利斯战败失踪。但之后不久的1205年4月14日，保加利亚沙皇卡洛扬在亚得里亚堡战役中打败拉丁帝国军队，俘获了鲍德温皇帝，亨利只得赶回君士坦丁堡(1206年亨利正式接替哥哥，加冕为拉丁帝国第二任皇帝)。塞奥多利得以趁机击败特拉布松帝国以及其它独立势力(包括非拉铁非城周围地区的塞奥多利·曼卡法斯、大门德雷斯河流域的Manuel Maurozomes等)，巩固了尼西亚政权在安纳托利亚西北部的地盘。1206年，塞奥多利称帝并邀请流亡的君士坦丁堡牧首John X Kamateros前往尼西亚，但牧首于1206年四五月间去世，未能去尼西亚给他加冕;塞奥多利另立Michael IV Autoreianos为牧首，后者在1208年三月为他正式加冕。
在原拜占庭帝国疆域内，拜占庭流亡政权、拉丁帝国、保加利亚王国和科尼亚的鲁姆苏丹国(塞尔柱人)频繁对战，当然也根据形势变化不时停战、结盟和解盟。1211年，在大门德雷斯河上的安条克战役中,塞奥多利击败妄图支持阿列克修斯三世重新夺权的塞尔柱军队(据说战役的胜负最后取决于塞奥多利与塞尔柱苏丹的对决，皇帝亲手击杀凯库斯老一世Kaykhusraw I)。但是，这一战役的惨重伤亡使得尼西亚人在RhyndacusRiver败于拉丁帝国，并在随后的南菲宏(Nymphaeum)条约(注：1214年尼西亚和拉丁帝国的和约)丧失了大部分密细亚(Mysia)地区和马尔马拉海岸。1212年，随着特拉布松帝国大卫·科穆宁的死亡，尼西亚帝国吞并大卫在帕弗拉戈尼亚(Paphlagonia)的土地，得以补偿损失给拉丁帝国的土地。
尼西亚皇帝塞奥多利一世的第一位皇后安娜·科穆宁·安吉丽娜1212年去世;1214年他续娶第二位皇后亚美尼亚公主菲丽帕，但两人的婚姻于1216年解除(尽管他们育有一位皇子君士坦丁)。1216年，拉丁皇帝佛兰德斯的亨利驾崩无嗣，其皇位归于妹夫库尔特耐的彼得(二世)，但彼得在赶赴君士坦丁堡的途中，被伊庇鲁斯统治者塞奥多利·科穆宁·杜卡斯(Theodore Komnenos Doukas)俘获;拉丁帝国由鲍德温和亨利的妹妹约兰达女皇(彼得的妻子，Yolanda of Flanders)摄政，这时拉丁帝国谋求与尼西亚帝国的联盟，于是1219年，塞奥多利·拉斯卡利斯迎娶约兰达的女儿库尔特耐的玛丽亚，同一年塞奥多利一世也和威尼斯缔合。1221年11月年塞奥多利一世驾崩，帝国由其女婿约翰三世·瓦塔基斯John III Ducas Vatatzes继承。
(1219年，拉丁女皇约兰达驾崩，由儿子库尔特耐的罗伯特继位(1219-1228年在位)，1228年罗伯特驾崩，其幼弟鲍德温二世继位，鲍德温二世当时年仅11岁，玛丽亚曾摄政拉丁帝国八个月。)