一些学者认为，尼西亚帝国的统治标志着“希腊”民族和国家意识的兴起;但是他们也指出，这种民族意识的兴起并没有对官方的“帝国”意识形态产生影响。传统的看法(拜占庭帝国是罗马帝国的继承者)并未改变，这一点可以从尼西亚皇帝们的子民“Rhomaioi”的称呼中得以说明。尼西亚帝国的官方意识形态是再征服运动和军国主义(这些在14世纪后半期帕列奥列格王朝的修辞中就见不到了)，以君士坦丁堡的持续荣耀和光复君堡的希望为特征，强调君士坦丁堡类似于旧约中上帝给予选民的“应许之地”而不是诉诸于政治上的普世主义或希腊民族主义;这段时期的皇帝们被频繁的比作摩西或所罗巴伯(巴比伦之囚后带领犹太人回归故土的领袖)，甚至是指引上帝子民去往应许之地的“火柱”，如在一篇尼基塔斯-侯尼亚迪斯(尼西亚帝国时期的历史学家)献给塞奥多利一世的献辞中中(表现的那样)。
这期间的文辞也采用旧约之外的意象来赞美帝国的光复战争;尼基塔斯-侯尼亚迪斯在对塞奥多利一世的颂词中，把尼西亚帝国与塞尔柱苏丹的战斗描绘成基督教与伊斯兰之间的战争(尽管这一战斗中原来的拜占廷皇帝阿列克修斯三世在塞尔柱人一方参战)，并且把塞奥多利在手刃塞尔柱苏丹的战斗中所受的伤比做十字架上耶稣受的苦难。Dimter Angelov认为西方十字军的理念已经影响了尼西亚的再征服运动，同一时期牧首Michael IV Autorelanos在战斗前对尼西亚军队提供了全面的赦罪，这和西方十字军全面赦罪很相像。但是这种可能受十字军影响的赦罪行动存在时间很短暂，1211年之后就渐渐消失。
十三世纪的拜占廷人也发现了(1204年之后)帝国的境遇和古典时期希腊的类似之处，这加强了一些学者(如A.E.Vacalopoulos)的观点，他们认为这种类比及对拜占庭”古典”的再评价，是希腊民族主义的起源。君士坦丁堡陷落后，帝国的境遇被认为类似于被野蛮人包围的(古典时期)“希腊人”。侯尼亚迪斯就把塞奥多利杀死的塞尔柱苏丹(凯库斯老一世)比作薛西斯，牧首Germanus II (1223–1240)将约翰三世的胜利视作另一场马拉松或萨拉米斯大捷。类似的，塞奥多利二世则将他父亲的胜利比作亚历山大大帝的事迹，并且赞美了同时代“希腊人”的赫赫武功。
另外，在拜占庭人的语言中，这一时期“希腊人Hellene”一词的意义似乎已经有所改变。(自基督教成为国教)到这一时间点为止(十三世纪之前)，“希腊人”一词指“异教”，是贬义词(源出圣经)。而从尼西亚帝国时期开始，“Graikoi”和“Hellenes”开始作为宗教和民族的自我认同形式，进入帝国的外交用语中，反映了 将帝国及其子民同拉丁人区分开的殷切期望。
牧首Gemanus II特别论证了这一新的民族和宗教身份。他在信件中将完美的出身等同于希腊血统的纯洁，强调他希腊修辞和希腊民族背景重于与君士坦丁堡的关系，并蔑视那些沾沾自喜于窃取君士坦丁堡的拉丁人。(现在)学者还在争论“希腊人”一词含义转移的确切时间，如Roderick Beaton认为，十二世纪“希腊人”一词的应用，说明这一词汇的意义在1204年君士坦丁堡陷落前就已得到重新评估。此外，不像Vacalopoulos，Beaton认为这一时期仅仅存在萌芽状态的(希腊)民族意识，主要是基于语言认同，还称不上希腊民族主义。
拜占廷学家安戈尔德(Michael Angold)指出，这段时期帝国的意识形态变化，显示出拜占庭人对于政治上的流亡、动荡和文化环境变化的适应能力。但是帕列奥列格朝的米海尔八世光复帝国之后，抛弃了绝大部分尼西亚帝国发展的思想意识，帝国在思想上回到了早期状态。