叶尔马克很快发现自己有些高兴的太早了。虽然占领了汗国的首都，但西伯利亚的统治中枢并没有被破坏，汗王库楚姆、王子马麦特库尔、重臣卡拉恰酋长这些坚决与俄罗斯为敌的人一个都没有死或者被俘虏。在首都伊斯凯尔城墙之外的广阔土地上，他们随时都在进行着反击。在占领伊斯凯尔还不到一个月，二十名哥萨克出城到湖里捕鱼时遭到马麦特库尔的突然袭击，只有一个人侥幸逃脱。
当叶尔马克派手下的五十人长勃利亚兹去招抚额尔齐斯河下游的各个酋长国，收取贡赋时。原本以为会顺利的哥萨克迎头便遇到了忠于库楚姆汗的捷米扬酋长和罗曼酋长率领奥斯卡克人拼死抵抗。为了震慑敌军，勃利亚兹将抓到的酋长倒悬吊死，其他俘虏则被枪毙或斩首，用血腥的手段才使当地人屈服。
叶尔马克和库楚姆汗的地位对调了，原本主动的他在获得胜利后反而陷入了被动挨打的境地。库楚姆汗却可以灵活机动的组织对他的进攻。对付游击战的方法就是情报战，如果掌握了情报，小股骚扰的游击部队便会成为猎物。曾经是匪首的叶尔马克深谙此道，为了扭转局势，他对于臣服的汗国贵族极尽笼络，从而掌握了很多有关库楚姆汗的情报。
1583年2月19日，一个汗国贵族巴赫塔向叶尔马克报告，马麦特库尔王子正带着小股部队在离额尔齐斯河不远的库拉尔湖活动。叶尔马克立即派出60名哥萨克前去埋伏，夜晚偷袭了马麦特库尔的宿营地。毫无准备的王子被生俘，身边的战士全部被杀。为了避免更激烈的反抗，叶尔马克没有杀死马麦特库尔，而是把他送往莫斯科。在那里王子受到了礼待，后来还成为了一名俄军上校。马麦特库尔的被俘使库楚姆汗失去了重要的将领，为了报复，他与卡拉恰酋长一起商定了以牙还牙的计策。
是年9月，卡拉恰酋长派出使节向叶尔马克投降，并提出希望他能帮助自己巩固领地，避免库楚姆汗的进攻。得知卡拉恰和库楚姆汗已经分裂，叶尔马克大喜过望，没有过多考虑便派伊凡.科里佐带领40人前去。卡拉恰酋长对来访者进行了热烈的欢迎，不但设宴款待，还在宴会上将他们全部砍了脑袋。科里佐是叶尔马克麾下的大将，向沙皇报捷时在莫斯科更是受到了最高礼遇，每天享受国宴。可没想到最后竟死的如此窝囊，而且还在被杀死之前说出了伊斯凯尔城中的俄军缺粮而且坏血病流行的消息。
这个消息对于一直准备反攻的汗国军太重要了。卡拉恰酋长立即开始调集部队，向着伊斯凯尔城开拔。汉特人、沃古尔人、巴什基尔人从四面八方汇集而来。汗国军聚集的时间长达5、6个月，直到1584年3月才集结完毕，如此长的时间，俄军本该察觉得到，但这时军中的灵魂人物叶尔马克正在额尔齐斯河上游扫荡不愿纳贡的村寨，没有人负责情报工作。等到哥萨克们发觉四周到处都是密密麻麻的人群时，城市已经被围得水泄不通。
卡拉恰酋长知道俄军火器厉害，强攻只能徒增伤亡，于是围而不打，将俄军围困在城里。原本就缺粮的俄军顿时陷入绝境，不到一个月，粮食便完全吃完，只能以死尸果腹。只要再有几天，不用卡拉恰动手，哥萨克们就会活活饿死。就在此时，哥萨克们再次发挥了他们职业军人的素质和亡命徒的性格，为了不坐以待毙，在卡拉恰的军队士气最高而又放松警惕的时候发动了一次夜袭。组织夜袭的是两个百人长马维特和麦舍利雅克，经过观察，他们了解到卡拉恰酋长的大营所在地，在一天夜里，只用百余人对围城大军的心脏发起了进攻。
原本以为胜券在握的卡拉恰酋长根本没有想到本应该饿得拿不动武器的俄军会突然出现在自己面前，而且凶神恶煞般势不可挡。他的两个儿子当场战死，卡拉恰酋长只带着两三个仆人逃脱了追杀，抛下自己的军队仓惶而走。没有了首脑的围城部队顿时乱作一团，虽然俄军已经没有余力再进攻他们，但仍然逐渐散去。库楚姆汗的苦心再次付诸流水。
当年11月，由莫斯科出发的500名射击军到达了伊斯凯尔城，这是由伯爵鲍尔霍夫斯基率领的帝国正规军。但与叶尔马克相比，这些军爷根本不适合与西伯利亚的抵抗军打交道，不但对小股的袭击束手无策，还很快的患上了坏血病，成群的死去。到最后，连指挥官鲍尔霍夫斯基都一命呜呼。而叶尔马克却继续着征服的使命，继续向西伯利亚深处挺进，一路上凡是抵抗的酋长国和村寨一律实行三光政策，缴获的珍宝、毛皮不计其数。直到到达塔拉河口后，才因为补给问题不得不退回了伊斯凯克。
面对着无能的帝国正规军，叶尔马克除了鄙夷，就是自豪——自己才是这片土地的主人，帝国的利益，只有靠自己才能在西伯利亚实现!但还有些事情让他不安，一个是因为坏血病，一个便是库楚姆汗。那个顽固的汗王现在在哪里?