叶尔羌汗国是中国明朝新疆建立的伊斯兰教地方政权，建立者苏丹赛依德汗是察合台后裔、东察合台汗国满速尔汗的三弟，即蒙兀儿人。史籍称“蒙兀儿汗国”、“喀什噶尔汗国”、“赛依德汗国”等。《明史》对新疆各地政权统称“地面”。因首府为叶尔羌(今莎车)，故名。统治者均系察合台后裔。辖地为“阿尔蒂沙尔”(即六城：喀什噶尔、叶尔羌、于阗、英吉莎、阿克苏、乌什)，盛时包括吐鲁番、焉耆和费尔干纳。1514年建国到1680年亡，凡166年，历11代汗的统治。境内居民为维吾尔族、柯尔克孜族等。居民从事农、牧业。逊尼派为国教。东察合台汗国的第12任汗阿黑麻在位时，把都城设在吐鲁番。他死前，长子满速儿在吐鲁番即位，成为东察合台汗国的第13任汗。
15世纪初，在乌兹别克人大举南下征服河中(阿姆河与锡尔河之间)的形势下，帖木儿王朝和东察合台汗国均陷于分崩离析的境地。1514年春，流亡在喀布尔的察合台后王赛依德汗召集旧部5千人马，从费尔干纳进攻南疆，击溃南疆统治者杜格拉特部埃米尔阿巴拜克所率5万军队，乘胜追击至巴达赫尚(巴达克山)，杀阿巴拜克，尽据六城，同年6月登上汗位。
叶尔羌汗国建立之后，在原东察合台汗国境内出现了两个政权并存的局面，即占据喀什噶尔、阿克苏、和田等南疆大部分地区的叶尔羌汗国，以及占据吐鲁番、哈密的满速儿汗政权。1543年，满速儿汗死，子沙汗继位。后来，沙汗死于一次与瓦剌的战斗中。叶尔羌汗国的第三代汗阿不都克里木(热西德汗的次子) 乘机出兵占领了吐鲁番、哈密等东部地区，结束了自东察合台汗国中期以后向阳地(南疆)分为东西两部的局面，实现了统一。
在热西德汗与阿不都克里木汗统治时期，叶尔羌汗国进入了鼎盛阶段。汗国的奠基者赛依德汗采取了一系列宽容措施，使得在东察合台汗国时期屡遭破坏的经济取得了一定程度上的恢复，他的两位继任者继承了这些政策，使得汗国经济取得了进一步发展。在这一时期，喀什噶尔、和田、阿克苏重新拓展成为商贸繁荣的城市，首都叶尔羌的这些地区的绿洲农业也得到了恢复与发展。新疆各族人民的文化生活此时也取得了重大进步，维吾尔传统艺术“十二木卡姆”在热西德汗时期由汗妃阿曼尼莎汗主持整理成型，成为一个体系。
叶尔羌汗国后期，陷入严重的教派斗争之中，最后甚至导致准噶尔入侵而亡国。早在阿布都克里木汗时期(16世纪60年代至90年代初)，伊斯兰教的“和卓”一派即开始进入叶尔羌汗国。阿布都克里木汗之子马黑麻汗继位以后，黑山派和卓受到汗王的大力支持，这一教派在叶尔羌汗国内迅速发展。稍后，白山派也进入该国，要求分享黑山派的权力。两派之间的矛盾越来越尖锐，甚至发生血腥厮杀。1670年(清康熙九年)，黑山派拥立伊思玛业勒为叶尔羌汗。伊思玛业勒汗镇压白山派。白山派首领阿帕克和卓经克什米尔逃往西藏。后来他假借达赖五世介绍的名义，前往准噶尔勾结浑台吉噶尔丹。噶尔丹于1678年(康熙十七年)进军叶尔羌，将伊思玛业勒汗及其家族俘获，带回准噶尔，另立阿帕克和卓为傀儡国王。叶尔羌汗国亡。
建国
叶尔羌汗国(1514-1680) 的奠基者是察合台后裔赛依德，他是东察合台汗国满速尔汗的三弟，为争夺权利，联合另一兄长赫力烈在伊犁河谷和七河流域发动暴乱反对满速尔汗，并颠覆了亦力把里政权。不久，暴乱被满速尔汗平定，赫力烈被杀，赛依德逃亡到帕米尔高原，并控制了费尔干盆地。由于在塔里木盆地以南扩张的屡次受挫，他逃往阿富汗的喀布尔城，投奔远亲帖木儿的后裔巴布尔。
1512年，赛依德随巴布尔的军队回到撒马尔罕城。但1512年，乌孜别克军队攻占费尔干盆地，巴布尔军溃败。赛依德再次进入塔里木盆地南缘。
1512年秋，赛依德率兵攻占阿图什，切断了阿克苏与喀什的联系，围困了杜格拉部的统治者阿巴拜克。暴君阿巴拜克被困三个月，突围逃往叶尔羌城。
1513年，喀什、阿克苏、叶尔羌相继被赛依德的军队攻陷。在叶尔羌城城被攻陷前阿巴拜克让位给儿子，自己携大批财宝外逃，他将大批财宝倒入喀浪沽河，企图拖延赛依德军队追击的速度，但他仍旧在昆仑山被俘，在押往叶尔羌的途中被秘密处死。
1514年9月，赛依德正式称汗，定都叶尔羌，建立了叶尔羌汗国。
灭亡
随着东察合台汗国的衰微，叶尔羌汗国的势力渗入伊犁河谷和巴尔喀什湖一带。1516年，满速尔汗向赛依德称臣。之后，赛依德相继征服了巴达克山和帕米尔高原南部的瓦罕地区，并一度深入到今巴基斯坦俾路支地区。随后赛依德领兵进攻克什米尔，突入克什米尔腹地，并逼近克什米尔都城，但不久遭到当地军民的反抗，1533年，赛依德撤军，病死在返回叶尔羌的途中。
汗位的继承权引发统治阶级内部纷争。汗国宰相阴谋篡权未遂，被赛依德汗的长子拉失德处死。1533年，拉失德成为叶尔羌汗国的第二代汗。他是一个对文化活动相当重视的君主，叶尔羌汗国进入了文化繁荣期。他在位期间，其妻子阿玛尼沙罕开始组编《木卡姆》，为后人留下了宝贵的文化财富。1570年，热西德死后，其子阿不都克里木继位。当东察合台汗国的沙汗战死后，阿不都克里木趁机出兵占领吐鲁番、哈密等东部地区，重新统一西域。东察合台汗国就此消失。此时，叶尔羌汗国达到鼎盛时期疆域包括天山南部、巴尔喀什湖以东、以南地区费尔干盆巴达克山、和瓦罕地区，管辖着祖国西部实际的版图。
阿不都克里木之后拉失德的五子穆罕默德称汗。穆罕默德之后，其子艾合买提有过短时间执政。拉失德的九子阿不杜热依木进军叶尔羌企图称汗，但在阿克苏遭到打击，1594年，阿不杜热依木在吐鲁番建立政权统辖东起哈密西至赛拉米(今拜城)之间的塔里木盆地的北缘地区。并一度越过天山，使准噶尔盆地以东的七个小汗国臣服于他。叶尔羌汗国开始分裂。之后，叶尔羌汗国的统治权又回到拉失德汗诸子手中。新可汗是阿不都里提夫。叶尔羌汗国的衰败自此开始。他死后，其婿穆罕默德继位。
1627年，吐鲁番统治者阿不杜热依木之子阿不杜拉继位。乘其兄弟争夺吐鲁番统治权之机，阿不杜拉带领叶尔羌汗国军队出兵吐鲁番，再次统一了叶尔羌汗国，并使哈密市臣服。他任命胞弟苏里唐为吐鲁番阿奇木，直接行政管辖吐鲁番市。接着，他出兵伊犁河谷，在巩乃斯草原击败了准噶尔汗国军队，重新控制伊犁河谷和巴尔喀什湖一带。经过一系列战争，叶尔羌汗国再次统一塔什干和费尔干。叶尔羌汗国大体恢复到赛依德时期的疆域。
1655年，阿不杜拉与清朝建立联系。第二年，阿不杜拉向清朝称臣，并遣使入贡。1665年阿不杜拉朝觐归途中在印度德里死去。
1665年，阿不杜拉长子尧勒瓦斯继承汗位，两年后，尧勒瓦斯被谋杀。其弟司马依继位。此时，叶尔羌汗国的统治范围急剧缩小。塔什干、费尔干等帕米尔以西地区脱离了叶尔羌汗国。
在伊犁河谷和巴尔喀什湖一带准噶尔汗国取代了叶尔羌汗国的统治。司马依的统治勉强维持了十二年。1680年伊善教派的白山派首领和准噶尔可汗推翻了司马依的统治。赛依德家族的叶尔羌汗国结束了。
叶尔羌汗国从1514年建立，历经6代、11位汗主政，到1680年被准噶尔部灭亡，存在了166年。