叶尔羌汗国最强盛时的疆域，包括天山南部、巴尔喀什湖以东以南地区、伊赛克湖地区、费尔干纳盆地，巴达克山和瓦汗地区，管辖着祖国西部的实际版图。
叶尔羌汗国是一个信奉伊斯兰教的蒙古王朝。汗国的统治阶级为信仰伊斯兰教的察合台后裔，主要居民则是维吾尔族。汗国的政治体制既带有草原游牧民族的色彩，又吸收借鉴了南疆绿洲政治体系的长处。
汗国信奉伊斯兰教，各和卓的势力很大。速檀赛德曾经想成为一位德尔维希(即托钵僧)，投身和卓马黑麻·尤素福的门下，后来及时受劝阻。由此时起，和卓家族兴起。后来分为黑山派和白山派，两派互斗不已，直到亡国。
白山派的支持者是哈萨克人，黑山派的支持者是吉尔吉斯人。白山派在喀什噶尔统治，黑山派在叶尔羌统治。因为后来很多大城市由吉尔吉斯人管理，因此叶尔羌汗国有时被称为吉尔吉斯汗国，由于汗国大部制度和成吉思汗时代无异，只是信奉伊斯兰教。汗国的官员分为军事官员、宫廷官员、中央官员、宗教人士官员。汗由库里尔台推举。法官由宗教官员与世俗官员出任。由案情决定，官教案件由哈的负责，习惯法由伯克负责。亡国后，阿帕克和卓充当噶尔丹的傀儡政权继续在叶尔羌的统治。
叶尔羌汗国时期，伊斯兰教渗透到维吾尔族社会生活的各方面，苏菲派得到迅速发展，教团首领掌握着众多的穆里德(即信徒)和经济特权。拉失德汗(1533～1559)时，中亚赛兰人穆罕默德·谢里夫在叶尔羌创建了亚萨维教团的分支——乌瓦伊西耶，这是新疆重要的苏菲教派之一，他被汗尊为宗教导师。1540年前后，中亚撒马尔罕纳格什班迪耶教团谢赫麦赫杜姆·阿扎姆走访叶尔羌，其后，他的儿子伊斯哈格·吾里和长子穆罕默德·伊敏(依禅卡朗)之子穆罕默德·优素福等先后到国内传教，逐渐形成以叶尔羌为中心的伊斯哈格系和以喀什噶尔为中心的伊禅卡朗系，并演化为黑山派、白山派之争。这时期重要的苏菲主义团体除乌瓦伊西耶外，还有伊萨克耶、依乃克耶、米斯克耶和达瓦尼耶，均属纳格什班迪耶教团在新疆的分支。这些教派对中国内地的回族门宦产生了一定影响。
汗国时期，维吾尔族文化取得成就。“察合台文学”的创作十分活跃，著名音乐《木卡姆》在拉失德汗时代整理定型，重要的历史文献有穆罕默德·海达尔的《中亚蒙兀儿史一拉失德史》、马哈茂德·楚拉斯的《编年史》等。后期至和卓统治时代，“苏菲文学”统治了文化领域，出现了大量神秘主义著作和圣徒传记。在赛依德汗统治时，曾以“圣战”的名义对周邻非穆斯林的民族发动了多次战争，规模最大的一次是1532～1533年对西藏拉萨的远征，以失败告终。叶尔羌汗国时期，由于政治、宗教、文化、文字等方面实现了统一，形成近代维吾尔民族。