祆教
位于塔伊波斯坦的浮雕，显示位处中央的阿尔达希尔二世接受阿胡拉·马兹达授予的王冠，两人的脚下是俯伏在地上的一名敌人，站在左方的是化身为祭司的光神，头载太阳光线状的王冠，手持祆教的枝形圣物，站在圣莲之上。
在安息帝国时期，祆教受到希腊宗教的影响而败坏，马其顿帝国的亚历山大大帝征服了大流士三世的波斯帝国，使希腊宗教得以散播，并与祆教掺杂在一起。到萨珊王朝时期，正统、不搀杂的祆教才得以恢复，松散的祭司制度被一个阶级森严的宗教制度取代。
为了掠夺波斯首都的财宝，亚历山大大帝纵火焚毁波斯波利斯，使在大流士一世时期编成的《波斯古经》大半部分佚失。不过，对《波斯古经》的重新整理在沙普尔一世统治时期曾经进行过。
祆教是萨珊王朝的国教，但是萨珊王朝的祆教却与《波斯古经》订明的习俗有所不同。萨珊王朝的宗教政策使大量的宗教改革运动盛行，摩尼及玛兹达克的宗教运动是当中最重要的。
萨珊王朝皇帝与国家宗教措施之间的关系错综复杂而且多变，例如沙普尔一世鼓励不同的宗教共存，他本身似乎都是祖梵教的信徒，而巴赫拉姆二世则打压少数宗教。除了基督教，沙普尔二世宽容对待其他宗教，他在君士坦丁一世信奉基督教后才打压基督徒。
基督教
萨珊王朝的基督徒主要属于景教和叙利亚正教会，虽然这些教会与罗马帝国的基督教会保持紧密的关系，但他们之间的分野明显。景教和叙利亚正教会采用叙利亚语作为礼拜仪式语言，不同于拜占庭基督教的希腊语。另外，由于萨珊王朝与罗马帝国常年处于战争状态，萨珊王朝试图切断他们与罗马帝国的关联，造成了东西基督教存在差异。
伊嗣埃一世在409年承认基督教是萨珊王朝正当的宗教信仰。玛·以萨(MarIsaac)在410年被塞琉西亚与泰西封会议推选为巴比伦牧首。
以弗所公会议的决定使萨珊王朝基督教与主流基督教在431年决裂，会议谴责叙利亚出身的君士坦丁堡普世牧首聂斯脱里在教授基督论的时候拒绝称呼耶稣的母亲玛利为“上帝生母”。以弗所公会议的教义在罗马帝国得到认同，但萨珊王朝却不同意会议对聂斯脱里的谴责。聂斯脱里的牧首一职因此而被罢免，他的许多追随者逃亡到萨珊王朝。萨珊王朝皇帝借此排除支持罗马的重要神职人员，并以聂斯脱里的支持者取代他们，提升聂斯脱里在萨珊王朝教会里的地位，以确保这些基督徒忠于萨珊王朝，而不是忠于罗马帝国。
萨珊王朝的大多数基督徒分布在王朝西缘，主要是在美索不达米亚，提罗斯(Tylos，今巴林)的岛屿、波斯湾南岸、拉赫姆王国及波斯属亚美尼亚地区都散落着一些重要的基督教社群，当中一些地区很早就已经基督教化，亚美尼亚在301年便成为了第一个独立的基督教国家，而亚述地区早在三世纪就完全基督教化，但亚述人从来没有成为独立国家。
其他宗教
与祅教一起在萨珊王朝共存的宗教主要是犹太教、基督教和佛教，人们在大部分时期里都可以自由进行宗教活动及宣扬他们的宗教。萨珊王朝有相当庞大的犹太社群，主要分布在伊斯法罕、巴比伦及呼罗珊，他们在美索不达米亚还享有半自治的地位。直到锡安主义出现的时候，犹太社群依旧繁茂。对犹太人的迫害只偶然发生，相对其他宗教，犹太人享有较大的宗教自由，并得到一些特权。沙普尔一世对待犹太人特别友好，他与撒母耳的友谊为犹太人得到不少好处，他甚至向萨珊王朝的犹太人提供尼西亚白马，犹太人传说中的复国救主弥赛亚就是骑着马骡的。沙普尔二世的母亲是犹太人，沙普尔二世与巴比伦拉比拉瓦(Rava)份属好友，他们的友谊使犹太人得以从针对犹太人的高压法制当中得到喘息。另外，王朝东部多有佛教徒拜祭的地方，佛教在巴米扬等地区逐渐流行起来。