后金入侵
1627年正月初八(阳历2月23日)，皇太极命阿敏、济尔哈朗、阿济格、杜度、岳讬、硕讬诸贝勒统兵出征朝鲜。皇太极宣布发动这次战争的目的是：“朝鲜屡世获罪我国，理宜声讨。然此行非专伐朝鲜也，明毛文龙近彼海岛，倚恃披猖，纳我叛民，故整旅徂征。若朝鲜可取，则并取之”，“故用兵两图之”。
在韩润、姜弘立等朝鲜人的向导下，正月十三日夜，后金兵攻取明哨地并杀尽六哨之后，四更时分，3万余骑(一说约4万，一说“贼兵号四万，实一万四五千，而半是我民(朝鲜人)剃头者”)渡鸭绿江袭击义州。义州府尹李莞(李舜臣之侄)毫无防备，在后金兵登城后才发觉，次日晨(阿敏报告为夜)城陷，李莞被磔杀(一说中箭而死)，判官崔梦亮被砍头(阿敏报告为自杀)，全城军民惨遭屠杀(阿敏报告为只屠士兵，俘虏平民，并于当日搜杀漏网之鱼后驻扎该城)。占领义州后，阿敏留下八名官员和1000名士兵留守义州，自己于十五日率主力继续进军。
在取义州之前(“先取义州之夜”)，后金军分兵(毛文龙报告为4万)进攻毛文龙部的驻屯地铁山(后金前锋一部于十四日往宣川浦口进军，并于当日攻陷铁山)(毛文龙塘报称后金方攻陷铁山的时间也为十四日)，大胜明军，称”斩明兵甚众“，并生擒参将一人、游击一人、都司三人，称毛文龙逃入海岛(“时毛文龙遁往海岛”)，后金兵未能抓到毛文龙。
正月十五日，后金军破定州，十七日后金军兵临郭山郡境之凌汉山城下，十八日因招降被拒而攻破该城，定州牧使金搢、郭山郡守朴惟健被俘，宣川府使奇协战死(阿敏报告为先俘获定州牧使金搢，后于郭山汉山城击杀朝鲜宣川副使奇协，郭山俘获郡守朴惟健)，阿敏留4名官员和500名士兵守此城。二十日，后金兵渡清川江，准备进攻安州，先派人招降，遭到严拒，便于二十一日大举攻城。安州为平安道重镇，号称“积年专力之地”，屯兵36000人(阿敏报告为20000人)，虽然竭力死守，却仍不敌后金，安州牧使金俊和兵使南以兴等人在激战中阵亡，城破后除数百人外皆被屠杀(阿敏报告城破后未屠城)。一路上，后金兵打着为光海君复仇的旗号，又将所有占领区的朝鲜百姓一律剃发。在攻取郭州凌汉山城之后，阿敏向皇太极报捷并请求派遣已出痘之蒙古人换防义州，以便抽调原驻义州的部队南下攻打朝鲜，皇太极欣然批准，指示阿敏一定要相机而动，可进则进，不可进则勿强行，并强调将朝鲜的一切事务委托阿敏等诸贝勒，他自己不为遥制，只依阿敏等的商量结果来裁定。
后金兵在安州滞留4天，继续向平安道首府平壤进发。之前平壤民众听说安州被屠的消息后，哭成一片，纷纷逃窜，平安道观察使尹暄也被迫退守中和。朝鲜政府逮捕尹暄，改任金起宗为平安道观察使。后金经过已成为空城的平壤，渡过大同江，二十七日抵达中和，驻兵秣马。随后又派一支部队溯鸭绿江而上，二月十一日攻占昌城，杀府使金时若(金时敏庶弟)。
朝明反应
后金入侵的消息在正月十七日传到汉城，朝鲜仁祖任命兵曹判书张晚为四道都体察使，负责前线迎战;领中枢府事李元翼为下三道及京畿道都体察使，负责稳定后方并招募勤王义兵。然而朝鲜连战连败，毫无招架之力，汉城民众听说后争先恐后地逃难，一二天后汉城也几乎一空。朝鲜王朝早已将江华岛预定为战争转移地，议政府右赞成李贵也在消息传来时就建议朝鲜仁祖撤退到江华岛避难，仁祖没有立刻动身，但起用金自点为句管江都事，先让王大妃仁穆王后金氏、王妃仁烈王后韩氏及一些重要文件和宗社神主转移江华岛，让昭显世子南下全州，实行“分朝”，并向全国下哀痛教(罪己诏)，自责不恤民生疾苦、滥杀无辜、为援助毛文龙而压榨百姓和为政急进等四大失政。正月二十三日，台谏联合上疏劝国王勿离汉城，请求亲征，被仁祖驳回。正月二十六日，仁祖率百官仓皇出逃，以金尚容留守汉城，二十九日抵达江华岛。
就在朝鲜官军节节败退的时候，朝鲜义兵开始活跃起来。如义州有崔孝一、郑凤寿、白宗男，龙冈有黄山立等18人，铁山有金砺器，慈山有林豹变，龙川有金佑、张遴、张熙俊、金宗敏、李矗立以及李忠杰兄弟等，洪龙海、闵灠等组织自募军，在毛罗山伏击后金兵，宣川剑山、定州慈圣山也有义兵固守，定州还有金良彦组成的“复仇军”，招募在深河之战中战死者家属五百余人协助防守安州，金良彦阵亡。平壤有前判官金峻德、幼学李起业、金克念、文科直赴李愈、幼学金载价等士绅组织的义兵，等等。其中许多义兵队伍都成功保卫了家乡，甚至取得不俗的战绩，但并未从根本上扭转战局。
后金入侵朝鲜的消息传入北京是在三月初(一说二月间)。在北京的朝鲜使臣金尚宪听说后立刻呈文明朝兵部，请求明朝进攻辽东以解朝鲜之围。明朝兵部尚书冯嘉会打算派觉华岛水兵三千、登莱兵三千加上天津的一些兵力配合毛文龙援救朝鲜，同时让宁远的辽东巡抚袁崇焕出兵批亢捣虚，获得皇帝的首肯，登莱巡抚李嵩也主张趁后金空虚攻辽东以救朝鲜，但袁崇焕反对此议，由于皇帝在三月十七日严旨督促他出兵东进，不能按兵不动，只好派赵率教等率少数精骑陈兵于三岔河(辽河下游)。据说袁崇焕早已通过刘兴祚的内应而得知后金东侵的消息，却忙于与后金议和(以修筑锦州等三城)而反应消极。登莱方面出动8000余人东援，等监军太监胡良辅等率领这支军队抵达皮岛时，阿敏早已凯旋，而赵率教等9员将领率9000精兵赶到三岔河后不久也撤回了，被讥为“纸上之兵”。
外交接触
就在战争持续的过程中，双方也展开了外交接触。后金入侵之初，就给朝鲜送去书函，平安道观察使尹暄予以答复，显然未能令后金满意并止住其步伐。正月二十日，姜弘立手下奴婢拿着阿敏书函来到平壤，要求呈递，平安道观察使尹暄呈递给朝鲜政府。该书函列举了朝鲜助明伐金、不谢丁酉年(1621年)后金讨伐毛文龙之功、接纳毛文龙及辽东逃人、不吊祭努尔哈赤这四条讨伐朝鲜的理由，强调朝鲜“差官认罪”方可修好(阿敏只报告他向朝鲜国王派使未达，未报告送去书信)。正月二十二日，收到阿敏书函的朝鲜君臣对此展开讨论，鉴于朝鲜实力弱小，准备不周，而后金兵已过清川江，再加上连明朝都同后金议和，所以决定以国书形式给予答复，质问后金无故兴兵，表示只有后金先退兵才能修好，并派朝鲜被俘人员姜弘立之子姜璹和朴兰英之子朴雴携带答书，于正月二十七日抵达中和的后金军营。阿敏接到朝鲜国书后，再次致书朝鲜，添油加醋地列举了七条理由，甚至翻起了后金兴起前的旧账。阿敏限期五天回复，命阿本、董纳密(朴仲男)携书出使朝鲜朝廷，他们还没回营，阿敏又写信并派备御札弩、巴克什科贝带去，进一步补充说明了对朝鲜的答复。此外，阿敏还给了要求朝鲜与后金结为兄弟国并与明朝断交的书信，但此书信不见于后金方面的记载。
朝鲜君臣接到书信后，先写了对“七罪”的答复国书，让权璡带到中和的后金大营，又在江华甲串的镇海楼接待了四名后金使臣，然后将他们打发走，二月初五晋昌君姜絪(姜弘立叔父)携国书赴金营。同日阿敏率军兵不血刃地占领空城黄州，翌日姜璹、朴雴陪同札弩等后金使臣来到金营，通报姜絪将来之事，后金又将书信转交姜璹、朴雴，指责朝鲜继续整顿士兵以及在新送的国书上写天启年号，缺乏议和诚意，令朝鲜君臣一度对议和绝望。
阿敏执意南下，后金将领李永芳等劝其守信，遭阿敏呵斥，于是后金军进驻瑞兴，途中遇见了朝鲜使臣姜絪，翌日阿敏接见姜絪，姜絪对阿敏行一跪三叩头并递书乞和，阿敏原则上同意，但要求给予其屯兵秣马之地，姜絪建议驻军三屯，阿敏不从，继续向汉城开拨，在其弟济尔哈朗的劝阻下驻扎平山，由此议和又有了眉目。后金进驻平山后，就派副将刘兴祚(朝鲜称其为刘海，后金称其为刘爱塔)等出使江华岛，正式商定和约，李廷龟、张维负责与其交涉。与刘兴祚一起来的还有八年前被俘的姜弘立和朴兰英。尽管朝鲜内部出现斩使之议，但在崔鸣吉、李贵等主和派大臣的主张下，朝鲜仁祖还是在二月十一日接见了刘兴祚，刘兴祚极为傲慢，嘲笑仁祖为木偶，提出了与明断交、进贡后金及以王弟纳质等议和条件。仁祖以远房宗室原昌副令李玖(朝鲜成宗之子云川君后裔)为原昌君，冒充王弟交给刘兴祚，二月十五日，刘兴祚在燕尾亭誓约议和，随后带原昌君等去平山金营，同日朝鲜处决放弃平壤的尹暄。
结盟撤兵
原昌君来到平山金营后，以抱膝礼谒见阿敏，并携带大量礼物，包括一百匹马、一百张虎豹皮、四百件绵绸苎布、一万五千匹布。岳讬认为和事将成，此战目的也基本达到，而明与蒙古仍为后金心腹大患，建议与朝鲜国王盟誓后立刻撤军。阿敏却表示要进入汉城看朝鲜王宫，甚至有久居的打算，叫上杜度和他一起住在汉城，遭杜度拒绝。由于从征的其他贝勒均要求议和撤兵，阿敏迫于压力，只要好继续同朝鲜议和。于是二月二十一日，刘兴祚及巴克什库尔缠等再次来到江华岛，同朝鲜敲定最后的和议。双方争论的焦点在于同明朝的关系以及和盟仪式。后金对朝鲜送来的国书仍沿用天启年号感到非常恼火，要求改用天聪年号，朝鲜坚拒不肯;同时后金一再要求与明朝断交，亦为朝鲜严词拒绝。由于毛文龙的牵制因素及后金急于撤兵，刘兴祚等没再坚持朝鲜与明断交，朝鲜与后金的来往文书也允许采用揭帖形式，不书年号。在和盟仪式问题上，刘兴祚要求国王亲临盟誓，仁祖极不情愿，刘兴祚一度妥协，同意给誓书即可，然后在二月二十四日得誓书后离开江华岛，走到开城时收到了阿敏要求国王必须亲临盟誓的命令，因而折返江华岛，朝鲜方面又以仁祖处于生母(仁献王后具氏)丧期为由拒绝在和盟上杀马，双方折冲几番之后决定国王只在殿上焚香祭天，另由朝鲜大臣与后金大臣举行盟誓。
在和谈期间，朝鲜的官员和儒生不断上疏斥和，其中影响最大的是司谏尹煌之上疏，他指出：“今日之和，名为和而实则降也。殿下惑于奸臣侥幸之计，力排公议，甘心屈伏，乃以千乘之尊，亲接丑虏之差。悖慢无礼，侮辱备至，而殿下恬然不知为耻，臣不胜痛哭焉……伏愿殿下亟斩虏使，以慰群情;斩主和误国之臣，以绝邪说;斩逗挠奔溃之将，以振军律;回赂胡之物，以犒三军。则人心激厉，士气自倍矣。”仁祖览疏震怒，下令将尹煌革职查办。最终仁祖接受了和约，于三月初三亲出江华行宫大厅，至殿上行焚香祭天之礼，宣读誓文;接着筑坛于江华西门外，右议政吴允谦等朝鲜重臣同后金方面的刘兴祚、库尔缠及固山额真纳穆泰等订立盟誓，盟约内容仅限于互不侵犯。阿敏在得知盟誓订立的消息后，派库尔缠返回沈阳报捷，仍命诸将“分路纵掠”，又在平壤分赃，与原昌君李玖等缔结了另一盟约，加入了规定朝鲜向后金进献礼物、以待明使之礼待后金使者、不得筑城练兵、不得收留后金逃人的内容，随即撤离朝鲜。朝鲜仁祖在确认后金大军撤离后，于四月十二月回到汉城;阿敏则凯旋沈阳，四月十八日皇太极出城举行隆重的迎接仪式，同时遵照皇太极指令，后金以防范毛文龙为由留兵3000人(1000女真兵，2000蒙古兵)于义州，继续与龙川龙骨山城的朝鲜义兵和毛文龙所部明军(后又加上胡良辅所率援军)作战，六月下旬攻陷龙骨山城并打败毛文龙。后金驻义州部队到同年九月七日才完全撤离。