国王
在萨非王朝，国王处于整个权力金字塔的顶点。他的权力建立在三个不同的基础之上:首先是古老的波斯国王君权神授理论，认为国王拥有神授的神秘力量或权力或”国王的荣耀”。这一古老的、前伊斯兰时代的理论因为”神在大地的影子”这一概念而重放光芒。人们被要求无条件服从国王。统治者是由神直接指定的这一观念本身足以赋予他的统治以专制的特点，而这种专制因为另外两个基础而进一步加强了。其次是声称萨非家族的国王们是马赫迪的代表。这一声称的基础是萨非家族被说成是什叶派第七任伊玛目穆萨·卡兹姆(Musaal—Kazim)的后裔。作为马赫迪的代表，萨非家族的国王们比其他人更加接近绝对真理的源头，因此反对国王构成了一种罪孽。这一理论不可避免地导致国王不谬的假设，国王成了隐遁伊玛目的惟一代表。第三，作为萨非教团苏菲们的导师，萨非家族的国王们能够凭借圣人与门徒之间的关系要求他们的苏菲追随者绝对服从。对一个基齐勒巴什或红头军来说，质疑导师等同于”不信”，是一个可以处死的罪行。总之，作为神的助手、隐遁伊玛目的代表和苏菲们的导师，从理论上讲，国王拥有至高无上的威权，在宗教和世俗领域皆如此。
政府
国王之下设立一个最高会议。最高会议由国王来召集，由国王所指定的各游牧部落的军事贵族、官僚与乌里玛代表组成。仅次于国王的官员称为”大维齐尔”(grandvizier)，作为国王的代理人，大维齐尔通常由波斯贵族来担任，拥有巨大的权力并控制全国的事务。接下来是”埃米尔·乌穆拉”(amiral—umara)，即军队总司令;再次是”萨德尔·苏杜尔”(Sadral—Sudur)，它是国王旨意的维护者，也是穆斯林的法律顾问。此外，还有主管财政的大臣和其他各部大臣。大臣会议仅有咨议的权力，最终决定权属于国王。
地方
中央之下设行省，行省由国王委派的总督治理。总督由有才干的军事首领们担任，多靠本省的土地收入供养自己和维持省政府，但必须将总收入按一定比例上缴国库。在王朝前期，地方分权严重，各省总督把维持自己和省政府所剩的收入上缴国库，中央集权加强以后，必须有一定比例的收入上缴国库。总督必须供养自己的军队。军队的数目、质量和类型，取决于税收的情况。总督掌握一省的军政大权，也作为省政府的首席法官。不过，城市中的卡迪(伊斯兰宗教法官)和谢赫·伊斯兰由萨德尔任命。
中央和地方的紧张关系是理解萨非王朝政权结构和政治治理的关键。萨非国家最根本的问题在于其在结构上是一个突厥部落联盟，因而极其不稳定。享有自主性、经济利益和军事野心的各个部落彼此泾渭分明且相互敌对，常常使国家在政治秩序上陷入混乱，它们都反对一个中央集权国家的建立。在整个萨非王朝时期，最具影响的政治斗争常常是统治菁英内部的斗争而非统治者和被统治者的权力斗争。这种权力斗争、得失变化最明显地体现于国家中央集权或地方分权的程度上，其关键是国王与基齐勒巴什部落的关系。