二十七日，右路军统帅福全在吐力根河安营扎寨，营盘四十座，连营六十里，首尾联络，巍巍壮观。噶尔丹亲率劲骑2万余名，尾随常宁深入到乌兰布通，在山脚下安营，布下“驼城”，指挥大帐设在乌兰布统峰顶。
“驼城”，就是将数千峰骆驼缚足卧地，背上加箱垛，上边蒙上湿毡，环形排列，形成临时城池，摆开阵势，誓与清军决战到底。
驼城战术，脱胎于欧洲名将扬·杰士卡发明的车堡战术，曾经被匈牙利、神罗、土耳其等欧洲强国效仿，威力绝伦。只不过这么远传了过来，无论是配置还是熟练度都没法和正牌的车堡相比，这个山寨货实在要打个大大的折扣。
火力方面，清军拥有铁心火炮和子母炮。然而噶尔丹军结阵严密，还有密林掩护，沼泽地阻拦，士兵们隐藏在“驼城”之内用沙俄支援的滑膛枪和弓箭据守。
福全所带军队都是精锐，又没见识过驼城，且自认有火炮优势，于是派国舅佟国纲侧翼迂回，准备来个炮打隔山，将噶尔丹布置的驼城炸个稀烂。
然而事实证明，迂回、侧击这战术说起来简单，真操作起来还是要水平。康熙大帝这位皇兄福全安排仓促，清军阵形毫无章法，抬着大炮，向准噶尔军仰攻。
噶尔丹流畅地把预备队骑兵调出来，刺斜里从坡上冲击下去，福全的士兵登时兵败如山倒。
噶尔丹的骑兵不只是弓骑和刀骑，也有拿着火绳枪的火枪骑兵，看准国舅佟国纲，一枪击中，瞬时毙命。清军一片混乱，仓皇撤退，死伤无数。
福全无计可施，又搞了几波正面骑兵冲锋，前锋参领格斯泰直入敌营，被准噶尔军围起来杀死。
清军的火枪还停留在明朝末年的水平，实在不是引进了沙俄火器的准噶尔军对手。但是火枪火炮的数量上都有巨大优势，所以干脆不再出击，就在下边和准噶尔军对射。时间久了，噶尔丹部弹药告罄。
清军还有弹药，现在准噶尔军如果从坡上冲下去，会成为清军枪炮的活靶子，实在不划算。加上常宁的右路军就要赶到，噶尔丹岂能不知?时间拖久了，必然被包饺子。
所以噶尔丹就派了几个和尚去福全营中，假意求和。福全答应求和，准备等常宁赶到再翻脸夹击。
但这位皇兄显然是把噶尔丹当成了蠢人，噶尔丹并不是蠢人，稳住福全之后，收拾兵马辎重连夜跑路了。
此战清军死得比准军多很多，而且国舅佟国纲等将官都被击毙，康熙大帝大怒，但噶尔丹毕竟跑路，康熙对外宣布胜利。
噶尔丹回撤的路上不幸爆发了瘟疫，损失了几千人，比被清军打死的还多。但这不是最糟糕的。趁着他不在，侄子策妄阿拉布坦引兵偷袭科布多，把噶尔丹的老巢给涮洗了一波。噶尔丹决定孤注一掷，与清军进行最后的决战：昭莫多之战。
后续
三十四年五月，噶尔丹又以骑兵三万(并扬言借俄罗斯鸟枪兵六万)，由科布多东犯克鲁伦河以北巴颜乌兰。
三十五年二月，康熙帝发兵十万，分东、西、中三路出击。五月十三日费扬古统帅之西路清军在昭莫多(今蒙古乌兰巴托)与噶尔丹主力军队遭遇，激战竟日，清军猛攻敌军阵后，另遣骑兵进攻侧翼，噶尔丹军阵大乱，清军追击三十余里，歼敌数千。
噶尔丹率残部仓惶西逃。次年春，康熙帝亲赴宁夏，命费扬古、马思哈两路出兵，进剿噶尔丹残部。同年三月，噶尔丹在科布多阿察阿穆塔台暴病而亡。继噶尔丹成为准噶尔部首领的策妄阿拉布坦，在势力强大后，也曾几次扰乱边疆地区安宁。五十五年策妄阿拉布坦派大策零敦多布率兵六千进犯西藏。次年十一月攻占喇萨(Lhasa﹐今西藏拉萨)，杀拉藏汗，造成西藏地方动乱。
五十七年十月，康熙帝为维持西藏的安宁，决定进兵西藏。五十九年一月延信率军自青海库库尔塞出发，二月噶尔弼自打箭炉(今四川康定)出发。为配合两路大军进藏，傅尔丹﹑富宁安分别由新疆阿尔泰和巴尔库尔(今巴里坤)两路进击，允为抚远大将军节制全军。清军八月进入喇萨，控制西藏政局，大策零敦多布率残部逃回伊犁。
雍正朝对准噶尔贵族进行了两次战争。雍正五年(1727)噶尔丹策零继策妄阿拉布坦为准噶尔首领后，即遣使清廷要求派人入藏熬茶(向喇嘛寺庙发放布施)，清政府鉴于藏地政局不稳，未允其请，并令噶尔丹策零将罗卜藏丹津送回(见罗卜藏丹津叛乱)。一年之后，雍正帝(即清世宗胤禛)决意出兵准部。八年，噶尔丹策零押送罗卜藏丹津的队伍行至中途，探知清军西进来讨，便返回伊犁。入冬，噶尔丹策零偷袭清军西路军营。九年六月发生和通泊之战，噶尔丹策零大败清军，他因此踌躇满志，屡次挑衅。十年六月，噶尔丹策零又派小策零敦多布率兵三万，进掠克鲁伦地区，与将军塔岱及喀尔喀亲王额驸策棱所率清军相遇，双方在额尔德尼昭(光显寺)激战，准噶尔军队中伏被围，仅噶尔丹策零、小策零敦多布率残部突围。
乾隆朝，清政府为完成对西北边疆地区统一，曾两次出兵准噶尔部﹑进军伊犁。乾隆十年(1745)噶尔丹策零死，上层贵族为争夺汗位发生内讧。十七年达瓦齐在阿睦尔撒纳支持下夺取了准噶尔部统治权，不久两人又发生火并。十九年阿睦尔撒纳兵败，率部两万投清。清政府决定进军伊犁。二十年二月，清军分南﹑北两路出兵。北路以班第为主将、阿睦尔撒纳为副将，由马里雅苏台出阿尔泰山;南路以永常为主将﹑萨赖尔为副将，由巴里坤出发，五月两军会师博罗塔拉河，继续向伊犁挺进。达瓦齐退守格登山(今新疆昭苏县松柏边卡)，遭清军夜袭，达瓦齐越天山奔南疆，在乌什为回部霍吉斯擒获，押交清廷。八月，阿睦尔撒纳欲为厄鲁特蒙古四部总汗而未得逞，遂发动叛乱。清政府于二十一年二月出兵进剿，三月占领伊犁，阿睦尔撒纳逃入哈萨克阿布赉牧地。不久他又在博尔塔拉会盟准噶尔诸台吉，重燃战火，并派出以宰桑(贵族称号。仅用于非成吉思汗家族出身者)达瓦为首的使团去俄国求援。二十二年二月清廷派定边将军成衮扎布﹑定边右副将军兆惠率兵分两路再次进军伊犁。七月﹐阿睦尔撒纳兵败逃入俄境，不久死于痘疫。
清政府通过上述战争，打击了准噶尔贵族上层的割据势力，统一了西北边疆，有力地抵制了俄国势力的扩张。