《乙巳条约》缔结以后，大韩帝国高宗皇帝被日本人控制，韩圭卨则以“宫禁咫尺，举措失当”为由被罢官并被判处3年的流放徒刑。 [16] 韩国人民听说了《乙巳条约》缔结后无不悲痛愤慨，史料描述当时的情形说：“自是都下丧气，坊曲千百成群，大呼：‘国已亡矣!我曹何以生为?’狂醉悲叱，局蹐如靡容。烟火不举，景色惨沮，如经兵燹。倭人派兵巡绰，以备非常，而偶语诋诅，终不能禁，如是者旬月。”可见保护协约签订后的韩国社会一直处于悲伤郁闷的阴影下。人们将李完用、朴齐纯等赞成缔约的五大臣称为“乙巳五贼”，纷纷要求“废除保护协约”，“诛灭五贼，驱逐倭寇”，捣毁卖国贼的家宅。汉城学生罢课，商人罢市，数千基督教徒在崇礼门教堂集会，抗议乙巳勒约。有民族气节的文武百官接连上疏抨击保护协约和乙巳五贼，要求皇帝宣布条约无效，由于皇帝已经被日本控制，所以他们的上疏运动以失败告终，闵泳焕、赵秉世等大臣以死殉国，中国留学生潘宗礼听说《乙巳条约》的消息后也蹈海自尽。
《皇城新闻》的主笔张志渊在《乙巳条约》披露后写下“是日也放声大哭”为题的报道，他在文章结尾这样写道：“呜呼痛矣!呜呼愤矣!我二千万为人奴隶之同胞!生乎?死乎?檀、箕以来四千年国民精神，一夜之间猝然灭亡而止乎?痛哉痛哉!同胞同胞!”充分表达了韩国人民此刻痛苦的心情。而更多的韩国人则掀起了声势浩大的反日义兵运动，武装抗击日本的侵略。现在韩语中形容天气非常黯淡凄冷的习语是“을씨년스럽다”，本意就是“乙巳年似的”(을씨년스럽다)，可以看出《乙巳条约》给朝鲜民族留下了难以愈合的伤痕。
日本透过这个条约达到了将韩国变为其保护国的目的，使韩国沦为日本事实上的殖民地。根据《乙巳条约》第一条和第二条，韩国的外交权被剥夺，其对外关系被日本完全接管，未经日本允许不得与外国缔结条约。第三条则规定日本设立韩国统监府以管制韩国的外交，实则管理韩国一切事务，任意干涉韩国内政，是实际上的殖民机构，也是大韩帝国皇帝的“太上皇”。韩国皇帝和政府在条约缔结后成为了日本人的傀儡。1906年3月2日，伊藤博文抵达汉城，就任第一任韩国统监，建立了统监体制。在韩国一方面利用一进会及李完用等亲日大臣扩大日本的影响力，一方面对韩国人民的反抗则调兵来韩，全力镇压，对义兵各个击破，花了3年多的时间才基本平定了反日义兵运动。正如日本学者所论述的那样，《乙巳条约》签订后，“自三国干涉还辽的十年以来，日本一直想要统治韩国的愿望，大半得以实现”。《乙巳条约》可谓是《江华条约》以来日本30年努力的结果，它的签订使日本一举拿下朝鲜半岛，日韩合并只是时间问题了。